論文の概要: PerturbMap: Cross-Context Transfer of Single-Cell Perturbation Responses
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2607.28090v1
- Date: Thu, 30 Jul 2026 11:58:52 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-07-31 21:37:00.547143
- Title: PerturbMap: Cross-Context Transfer of Single-Cell Perturbation Responses
- Title(参考訳): PerturbMap:シングルセル摂動応答のクロスコンテキスト転送
- Abstract要約: 本稿では、受信者-ローカルな低ランクベースと受理可能な提案を組み合わせることで、受信者-コンテキスト効果の欠落を予測するPerturbMapを提案する。
Perturb-CITE-seq melanoma cohortでは、PerturbMapはフルエフェクトMSEを4.1%改善する。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 4.995659725914998
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Single-cell perturbation atlases rarely measure every intervention in every cellular context: a query perturbation is often observed in one or more source contexts but missing in the recipient context where its effect is needed. Ignoring those measured responses discards query-specific experimental evidence, whereas copying or weakly calibrating them across contexts risks transferring the wrong signal. We propose PerturbMap, which predicts a missing recipient-context effect by combining a recipient-local low-rank base with accepted proposals that transport the same perturbation's measured source responses through source-to-recipient ridge experts fit on paired training perturbations, with proposal weights determined by route reliability estimated on validation anchors. On the Perturb-CITE-seq melanoma cohort, PerturbMap improves full-effect MSE by 4.1\% over a recipient-local low-rank base and achieves lower MSE than FedAvg, zero-response, raw-copy, calibrated-copy, and identity-shuffled affine controls. It remains within $2.82\times10^{-6}$ MSE of our centralized token-matched pooled reference, which uses a stronger training interface. A condition-mean specificity diagnostic shows the same direction: same-recipient top-10 counterpart retrieval by cosine increases from 74.5\% for the low-rank base to 80.5\% for PerturbMap.
- Abstract(参考訳): クエリ摂動は1つ以上のソースコンテキストでしばしば観測されるが、その効果が必要な受信コンテキストには欠落している。
測定された応答を無視することは、クエリ固有の実験的証拠を捨てる一方で、それらをコンテキストにわたってコピーまたは弱めに調整することは、間違ったシグナルを転送するリスクを負う。
提案手法は,受取者-ローカル低ランクベースと受取者-ローカル低ランクベースを組み合わせ,同一の震源の震源応答を2つのトレーニング摂動に適合する震源-降水隆起の専門家を介して伝達する受取者-コンテキスト効果を予測し,検証アンカーに推定された経路信頼度に基づいて提案重みを求める。
Perturb-CITE-seq melanoma cohortでは、PerturbMapはフルエフェクトMSEを4.1 %の低ランクベースで改善し、FedAvg、ゼロレスポンス、生コピー、キャリブレーションされたコピー、アイデンティティシャッフルアフィンコントロールよりも低いMSEを達成する。
2.82\times10^{-6}$ MSEは、より強力なトレーニングインターフェースを使用する集中型トークンマッチングプール参照である。
条件平均特異性診断は、同じ方向を示す: コサインによる同値のトップ10による検索は、低ランクベースでは74.5\%から、PerturbMapでは80.5\%に増加する。
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