論文の概要: Oracle-Budgeted Molecular Optimization with Short-Term Graph Memory
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2607.28437v1
- Date: Thu, 30 Jul 2026 16:13:02 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-07-31 21:37:00.65383
- Title: Oracle-Budgeted Molecular Optimization with Short-Term Graph Memory
- Title(参考訳): 短期グラフメモリを用いたOracle予算の分子最適化
- Abstract要約: 本稿では,ジェネレータアーキテクチャとネイティブ更新ルールを保存するプラグインモジュールである短期グラフメモリを紹介する。
モジュールは、各ラウンドの候補プールをプリスクリーンするオンライングラフニューラルネットワークサロゲートを維持している。
平均的なトップ10スコアを、余分なオラクルコストなしで改善し、あらゆるオラクルのベースに落ちることはない。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 13.101703587509641
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Molecular optimization is commonly performed under a limited oracle budget, which makes deciding what to evaluate as important as deciding what to generate. We introduce short-term graph memory, a plug-in module that preserves the generator architecture and native update rule while learning from previously evaluated molecules to prioritize subsequent oracle queries. The module maintains an online graph neural surrogate that pre-screens each round's candidate pool, so the fixed oracle budget is spent on molecules with higher predicted utility. Applied to a fragment-based generator on a standard molecular optimization benchmark, it improves the mean top-10 score at no extra oracle cost and never falls behind the base on any oracle; the gain extends to all four generators we tested at a tight budget of one thousand calls. We then analyze how surrogate-guided selection interacts with the exploration and exploitation behavior of different generators. Its benefit at larger budgets is consistent with two properties of the backbone: how broadly it searches, and how effectively its native search already exploits oracle feedback. We provide a simple way to spend a fixed oracle budget more selectively, and evidence on which generators benefit from it.
- Abstract(参考訳): 分子最適化は通常、限られたオラクル予算の下で行われ、何を評価するかは、何を生成するかを決定するのと同じくらい重要かを決定する。
本稿では,前述した分子から学習し,後続のオラクルクエリを優先しながら,ジェネレータアーキテクチャとネイティブ更新ルールを保存するプラグインモジュールである短期グラフメモリを紹介する。
このモジュールは、各ラウンドの候補プールをプリスクリーンするオンライングラフニューラルサロゲートを維持している。
標準的な分子最適化ベンチマークのフラグメントベースのジェネレータに適用すると、平均トップ10スコアを余分なオラクルコストで改善し、あらゆるオラクルのベースに落ちることはない。
次に、サロゲート誘導選択が、異なるジェネレータの探索と搾取行動とどのように相互作用するかを分析する。
大きな予算での利点は、バックボーンの2つの特性と一致している。
我々は、固定されたオラクル予算をより選択的に使うための簡単な方法と、どのジェネレータがそれの恩恵を受けるかを示す証拠を提供する。
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