論文の概要: Elite-Weighted Supervised Fine-tuning for Goal-Directed Molecular Optimization
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2609.00189v1
- Date: Mon, 31 Aug 2026 18:10:51 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-09-02 16:31:35.928835
- Title: Elite-Weighted Supervised Fine-tuning for Goal-Directed Molecular Optimization
- Title(参考訳): ゴール指向分子最適化のための有限重み付き超微調整
- Abstract要約: Elite-Weighted Supervised Fine-tuning (EW-SFT)は、高色分子のエリート選択を誘導するために報酬を使用する。
EW-SFTは、対応するネイティブキナーゼ基準化合物よりも一貫して優れている。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 10.535230019723613
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Goal-directed optimization is essential for steering molecular generators to propose candidates with desired properties. However, it is often implemented with policy-gradient reinforcement learning, which requires a generation-trajectory log-probability whose form depends on the model architecture and generation procedure. This makes an optimizer difficult to reuse across architectures and conditional generative designs. Supervised fine-tuning needs none of that machinery, but its update is driven by a fixed dataset, so the reward never enters the update. We introduce Elite-Weighted Supervised Fine-tuning (EW-SFT), which uses reward to guide elite selection of high-scoring molecules, and updates the model by its own pretraining loss on that set. Ablations show that reward information is passed primarily through elite selection, rather than through continuous weighting within the selected set. Because the update consumes only scored molecules and the model's native loss, the same rule applies across autoregressive, masked-diffusion, and discrete-flow generators, and across de novo, motif-extension, and linker-design tasks. Under a fixed budget of 3D shape alignment oracle calls on two kinase reference compounds, EW-SFT consistently outperforms the corresponding native optimizers. It further improves goal-directed optimization under a 2D similarity oracle on four held-out references and achieves comparable performance on a sample-efficiency benchmark without a trajectory-level RL formulation. These results demonstrate that EW-SFT is a unified and effective optimizer across molecular generators, design constraints, references, and oracles.
- Abstract(参考訳): ゴール指向最適化は、分子ジェネレータを操り、望ましい性質を持つ候補を提案するために不可欠である。
しかし、モデルアーキテクチャと生成手順に依存した生成軌道の対数確率を必要とするポリシー段階の強化学習で実装されることも多い。
これにより、アーキテクチャや条件付き生成設計をまたいだ再利用が困難になる。
監視された微調整は、その機械を必要としないが、そのアップデートは固定されたデータセットによって駆動されるので、報奨金がアップデートに入ることはない。
EW-SFT(Elite-Weighted Supervised Fine-tuning)を導入し,高色分子のエリート選択を誘導し,その集合上での事前学習損失によってモデルを更新する。
アブレーションは、報酬情報は選択された集合内での継続的な重み付けよりも、主にエリート選択によって伝達されることを示している。
この更新は得られた分子とモデル固有の損失のみを消費するため、自己回帰、マスク拡散、離散フロージェネレータ、デ・ノボ、モチーフ・エクステンション、リンカー・デザインタスクでも同様のルールが適用される。
3次元形状アライメントオラクルの固定予算の下では、2つのキナーゼ参照化合物を呼び出し、EW-SFTは対応するネイティブオプティマイザよりも一貫して優れている。
さらに、4つのホールドアウト参照に対して2次元類似オラクルの下でのゴール指向最適化を改善し、軌道レベルRLの定式化なしでサンプル効率ベンチマークで同等のパフォーマンスを達成する。
これらの結果から, EW-SFTは分子発生器, 設計制約, 参照, オークルにまたがる統一的で効果的な最適化機構であることが示唆された。
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