論文の概要: ZetaDial: dialing net charge of protein binders at inference time for therapeutic developability

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2609.05451v1
• Date: Tue, 04 Aug 2026 18:36:14 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2026-09-28 05:09:55.480263
• Title: ZetaDial: dialing net charge of protein binders at inference time for therapeutic developability
• Title（参考訳）: ZetaDial:治療効果の推測時間におけるタンパク質結合体の網電荷のダイアル化
• Abstract要約: ZetaDialは、固定バックボーンタンパク質MPNNの周囲に、ポストサンプリング、タンパク質単位のセカントコントローラをコントリビュートしている。 ProteinMPNNとBidCraftは、アミノ酸バイアス、重量選択、カスタムロスを提供するが、タンパク質ごとのフィードバックループも提供し、サンプリング後に実効電荷を測定してセットポイントに修正する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Net charge is a developability-relevant property of therapeutic binders, linked to viscosity, clearance, nonspecific interaction and aggregation, and antibody screens already use charge-related criteria. Yet inverse-folding pipelines expose no way to set it to a target value. ProteinMPNN and BindCraft offer amino-acid biases, weight choices and custom losses, but neither supplies a per-protein feedback loop that measures realised charge after sampling and corrects it to a setpoint. ZetaDial contributes a post-sampling, per-protein secant controller around fixed-backbone ProteinMPNN. On matched stochastic benchmarks the secant loop reduced mean absolute error relative to a fixed-slope loop on RCSB complexes (5.17 vs 6.46 charge units) and Cas13 monomers (5.57 vs 8.23). Relative to the optimised matched global bias, it cut RCSB error from 11.71 to 5.17 (cluster bootstrap p < 0.001) and was statistically indistinguishable on Cas13 (5.47 vs 5.57). Across 800 eight-protein subsets, sensitivity heterogeneity was associated with calibration gain (Pearson r = 0.79); this is descriptive resampling, not a prospective decision rule. Foldability deteriorated as bias magnitude increased. In the full 52-complex seed-0 analysis, reference-based DockQ declined clearly at +/-3 but not at +/-1.5; a selected five-seed replication on eight complexes showed paired declines at every nonzero setting, but does not estimate the effect for all 52. In exploratory BindCraft sweeps, PD-L1 designs moved toward near-neutral charge at similar maximum interface pTM but with overlapping success-rate intervals; IL-7R-alpha responses were non-monotonic and RBD produced no strong designs. A fixed-backbone C-alpha-neighbour analysis found smaller same-sign charge-patch proxies near neutral charge, but this proxy is not a measured electrostatic surface or experimental developability endpoint.
• Abstract（参考訳）: ネット電荷は、粘度、クリアランス、非特異な相互作用と凝集に関連付けられた治療用バインダーの発達性関連特性であり、抗体スクリーンは、既に電荷関連基準を使用している。 しかし、逆フォールディングパイプラインはターゲット値に設定する方法を公開しない。 ProteinMPNNとBidCraftは、アミノ酸バイアス、体重選択、カスタムロスを提供するが、サンプリング後に実効電荷を測定してセットポイントに修正するタンパク質単位のフィードバックループは提供していない。 ZetaDialは、固定バックボーンタンパク質MPNNの周囲に、ポストサンプリング、タンパク質単位のセカントコントローラをコントリビュートしている。 一致する確率的ベンチマークでは、セカントループはRCSB錯体(5.17対6.46の電荷単位)とCas13モノマー(5.57対8.23)の固定傾斜ループに対する平均絶対誤差を低減した。 最適化されたグローバルバイアスに対して、RCSBの誤差は11.71から5.17(クラスタブートストラップ p < 0.001)に削減され、Cas13(5.47対5.57)では統計的に区別できない。 800の8タンパク質サブセットで、感度の不均一性はキャリブレーションゲイン(Pearson r = 0.79)と関連していた。 バイアスの程度が大きくなるにつれて、溶接性は低下した。 52-コンプレックスシード-0の全分析では、基準ベースのDockQは+/-3で明らかに低下したが、+/-1.5では低下しなかった。 探索的なBidCraftスイープでは、PD-L1の設計は、同じ最大インターフェイスのpTMで準中性電荷に移行したが、成功率の間隔が重なり、IL-7R-アルファ反応は非単調でRBDは強力な設計を作らなかった。 固定バックボーンC-アルファ近傍の解析により、中性電荷の近くではより小さい同符号の電荷パッチプロキシが発見されたが、このプロキシは静電面や実験的な展開性エンドポイントではない。

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