論文の概要: LLMs Depend on Specialist Tools for Out-of-Distribution Generalization in MS/MS Structural Elucidation
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2611.03308v1
- Date: Mon, 02 Nov 2026 15:39:07 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2026-11-04 23:36:30.616728
- Title: LLMs Depend on Specialist Tools for Out-of-Distribution Generalization in MS/MS Structural Elucidation
- Title(参考訳): LLMs on Specialist Tools for Out-of-distriion Generalization in MS/MS Structure Elucidation
- Abstract要約: フロンティア言語モデルが最近報告され、ツールなしで1次元NMR構造決定を解くことが報告された。
デノボ条件下でのタンデム質量分析(MS/MS)に移行するかどうかを問う。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 0.3405731889747969
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: A frontier language model was recently reported to solve 1D NMR structural elucidation without tools. We ask whether this capability transfers to tandem mass spectrometry (MS/MS) in the de novo setting, where the model must propose a structure directly from the spectrum without a candidate list or reference library. To separate reasoning from recall, we build a 100-analyte benchmark from MassSpecGym, split by each analyte's textual footprint into in-distribution (well documented in literature) and out-of-distribution (essentially undocumented) arms. We hold the model, harness, and output format fixed and vary only the LLM's access to domain-specific tools. Without tools, a frontier LLM reaches 52% Top-1 accuracy in-distribution but only 2% out-of-distribution. Only access to de novo structure generators improves out-of-distribution accuracy, raising it to as much as 38% Top-1, and the resulting agent outperforms the standalone de novo models both in and out of distribution. These results suggest that LLMs are not effective at de novo MS/MS structural elucidation on their own, and that further gains depend on the specialist tools available to the agent rather than on the LLM itself.
- Abstract(参考訳): フロンティア言語モデルが最近報告され、ツールなしで1次元NMR構造決定を解くことが報告された。
提案手法は,候補リストや参照ライブラリを使わずに,モデルが直接スペクトルから構造を提示する必要がある場合,この特性がデノボ設定におけるタンデム質量分析(MS/MS)に遷移するかどうかを問う。
推論をリコールから分離するために、MassSpecGymから100アナリストのベンチマークを構築し、分析者のテキストのフットプリントを(文献でよく説明されている)分散とアウト・オブ・ディストリビューション(文書化されていない)のアームに分割する。
我々は、モデル、ハーネス、出力フォーマットを固定し、LLMのドメイン固有のツールへのアクセスだけを変える。
ツールがなければ、フロンティアLSMは52%のTop-1の分布精度に達するが、分布外分布はわずか2%である。
デノボ構造生成体へのアクセスのみが分布外精度を向上し、最大38%のTop-1まで上昇し、結果として生じるエージェントは分布内および外の両方においてスタンドアロンのデノボモデルより優れる。
以上の結果から, LLMはMS/MS構造解明に有効ではないことが示唆され, LLM自体よりも, エージェントが利用できる専門ツールに依存していることが示唆された。
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