論文の概要: Machine-Learning-Based Multiple Abnormality Prediction with Large-Scale
Chest Computed Tomography Volumes
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2002.04752v3
- Date: Mon, 12 Oct 2020 23:57:17 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2023-01-01 19:57:07.114601
- Title: Machine-Learning-Based Multiple Abnormality Prediction with Large-Scale
Chest Computed Tomography Volumes
- Title(参考訳): 大規模胸部CTボリュームを用いた機械学習による多重異常予測
- Authors: Rachel Lea Draelos, David Dov, Maciej A. Mazurowski, Joseph Y. Lo,
Ricardo Henao, Geoffrey D. Rubin, Lawrence Carin
- Abstract要約: 19,993症例から36,316巻の胸部CTデータセットを収集,解析した。
自由テキストラジオグラフィーレポートから異常ラベルを自動的に抽出するルールベース手法を開発した。
胸部CTボリュームの多臓器・多臓器分類モデルも開発した。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 64.21642241351857
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Machine learning models for radiology benefit from large-scale data sets with
high quality labels for abnormalities. We curated and analyzed a chest computed
tomography (CT) data set of 36,316 volumes from 19,993 unique patients. This is
the largest multiply-annotated volumetric medical imaging data set reported. To
annotate this data set, we developed a rule-based method for automatically
extracting abnormality labels from free-text radiology reports with an average
F-score of 0.976 (min 0.941, max 1.0). We also developed a model for
multi-organ, multi-disease classification of chest CT volumes that uses a deep
convolutional neural network (CNN). This model reached a classification
performance of AUROC greater than 0.90 for 18 abnormalities, with an average
AUROC of 0.773 for all 83 abnormalities, demonstrating the feasibility of
learning from unfiltered whole volume CT data. We show that training on more
labels improves performance significantly: for a subset of 9 labels - nodule,
opacity, atelectasis, pleural effusion, consolidation, mass, pericardial
effusion, cardiomegaly, and pneumothorax - the model's average AUROC increased
by 10% when the number of training labels was increased from 9 to all 83. All
code for volume preprocessing, automated label extraction, and the volume
abnormality prediction model will be made publicly available. The 36,316 CT
volumes and labels will also be made publicly available pending institutional
approval.
- Abstract(参考訳): 放射線学のための機械学習モデルは、異常に対する高品質のラベルを持つ大規模データセットの恩恵を受ける。
19,993症例から36,316巻の胸部CTデータセットを収集,解析した。
これは、報告されている最大の倍量医用画像データである。
このデータセットに注釈を付けるために, 平均Fスコア0.976(min 0.941, max 1.0)のフリーテキストラジオグラフィーレポートから, 異常ラベルを自動的に抽出するルールベースの手法を開発した。
また, 深部畳み込みニューラルネットワーク(CNN)を用いた胸部CTボリュームの多臓器・多臓器分類モデルを開発した。
このモデルでは18の異常に対して0.90以上のAUROCを、83の異常に対して平均0.773のAUROCを分類し、未濾過全容CTデータからの学習の可能性を示した。
実験では,9つのラベルのサブセット(結節,不透明度,アトピーアシス,胸水,凝縮,腫瘤,心膜灌流,心膜,気胸)に対して,トレーニングラベル数が9から83に増加した場合,平均AUROCは10%増加した。
ボリューム前処理、ラベルの自動抽出、ボリューム異常予測モデルのためのすべてのコードは、公開される予定だ。
CTの36,316巻とラベルも公開され、機関の承認を待つ。
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