論文の概要: A Hybrid 3DCNN and 3DC-LSTM based model for 4D Spatio-temporal fMRI data: An ABIDE Autism Classification study

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2002.05981v1
• Date: Fri, 14 Feb 2020 11:52:00 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2023-01-01 04:58:39.690098
• Title: A Hybrid 3DCNN and 3DC-LSTM based model for 4D Spatio-temporal fMRI data: An ABIDE Autism Classification study
• Title（参考訳）: 4次元時空間fMRIデータのハイブリッド3DCNNと3DC-LSTMに基づくモデル:ABIDE自閉症分類研究
• Authors: Ahmed El-Gazzar, Mirjam Quaak, Leonardo Cerliani, Peter Bloem, Guido van Wingen and Rajat Mani Thomas
• Abstract要約: 本稿では,3次元CNNと3次元磁気LSTMを用いて,全4次元データから特徴を抽出できるエンドツーエンドアルゴリズムを提案する。 提案手法は,NYUサイトとUMサイトにおいて,F1スコア0.78,0.7の単一サイトにおいて,技術結果の状態を達成できることを示す。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Functional Magnetic Resonance Imaging (fMRI) captures the temporal dynamics of neural activity as a function of spatial location in the brain. Thus, fMRI scans are represented as 4-Dimensional (3-space + 1-time) tensors. And it is widely believed that the spatio-temporal patterns in fMRI manifests as behaviour and clinical symptoms. Because of the high dimensionality ($\sim$ 1 Million) of fMRI, and the added constraints of limited cardinality of data sets, extracting such patterns are challenging. A standard approach to overcome these hurdles is to reduce the dimensionality of the data by either summarizing activation over time or space at the expense of possible loss of useful information. Here, we introduce an end-to-end algorithm capable of extracting spatiotemporal features from the full 4-D data using 3-D CNNs and 3-D Convolutional LSTMs. We evaluate our proposed model on the publicly available ABIDE dataset to demonstrate the capability of our model to classify Autism Spectrum Disorder (ASD) from resting-state fMRI data. Our results show that the proposed model achieves state of the art results on single sites with F1-scores of 0.78 and 0.7 on NYU and UM sites, respectively.
• Abstract（参考訳）: 機能的磁気共鳴イメージング(fMRI)は、脳内の空間的位置の関数として神経活動の時間的ダイナミクスを捉えている。 したがって、fMRIスキャンは4次元 (3-space + 1-time) テンソルとして表現される。 fMRIの時空間パターンは行動や臨床症状として現れると広く信じられている。 fMRIの高次元性(\sim$1 million)とデータセットの限定濃度の制約により、そのようなパターンの抽出は困難である。 これらのハードルを克服するための標準的なアプローチは、有用な情報の損失を犠牲にして、時間や空間のアクティベーションを要約することで、データの次元を減らすことである。 本稿では,3次元CNNと3次元畳み込みLSTMを用いて,全4次元データから時空間特徴を抽出できるエンドツーエンドアルゴリズムを提案する。 本研究は,abideデータセット上で提案するモデルを評価し,休息状態のfmriデータから自閉症スペクトラム障害(asd)を分類する能力を示す。 提案手法は,NYUサイトとUMサイトにおいて,F1スコア0.78,0.7の単一サイトにおいて,技術結果の状態を達成できることを示す。

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