論文の概要: Detection of Perineural Invasion in Prostate Needle Biopsies with Deep
Neural Networks
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2004.01589v1
- Date: Fri, 3 Apr 2020 14:27:53 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2022-12-17 04:20:15.132160
- Title: Detection of Perineural Invasion in Prostate Needle Biopsies with Deep
Neural Networks
- Title(参考訳): 深層ニューラルネットワークを用いた前立腺針生検における会陰浸潤の検出
- Authors: Peter Str\"om (1), Kimmo Kartasalo (1,2), Pekka Ruusuvuori (2,3),
Henrik Gr\"onberg (1,4), Hemamali Samaratunga (5), Brett Delahunt (6),
Toyonori Tsuzuki (7), Lars Egevad (8), Martin Eklund (1) ((1) Department of
Medical Epidemiology and Biostatistics, Karolinska Institutet, Stockholm,
Sweden, (2) Faculty of Medicine and Health Technology, Tampere University,
Tampere, Finland, (3) Institute of Biomedicine, University of Turku, Turku,
Finland, (4) Department of Oncology, St G\"oran Hospital, Stockholm, Sweden,
(5) Aquesta Uropathology and University of Queensland, Brisbane, Qld,
Australia, (6) Department of Pathology and Molecular Medicine, Wellington
School of Medicine and Health Sciences, University of Otago, Wellington, New
Zealand, (7) Department of Surgical Pathology, School of Medicine, Aichi
Medical University, Nagoya, Japan, (8) Department of Oncology and Pathology,
Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden)
- Abstract要約: 前立腺生検における肝門周囲浸潤 (PNI) は予後不良と関連している。
前立腺生検における深部ニューラルネットワークを用いたPNI検出アルゴリズムを開発した。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 0.0
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Background: The detection of perineural invasion (PNI) by carcinoma in
prostate biopsies has been shown to be associated with poor prognosis. The
assessment and quantification of PNI is; however, labor intensive. In the study
we aimed to develop an algorithm based on deep neural networks to aid
pathologists in this task.
Methods: We collected, digitized and pixel-wise annotated the PNI findings in
each of the approximately 80,000 biopsy cores from the 7,406 men who underwent
biopsy in the prospective and diagnostic STHLM3 trial between 2012 and 2014. In
total, 485 biopsy cores showed PNI. We also digitized more than 10% (n=8,318)
of the PNI negative biopsy cores. Digitized biopsies from a random selection of
80% of the men were used to build deep neural networks, and the remaining 20%
were used to evaluate the performance of the algorithm.
Results: For the detection of PNI in prostate biopsy cores the network had an
estimated area under the receiver operating characteristics curve of 0.98 (95%
CI 0.97-0.99) based on 106 PNI positive cores and 1,652 PNI negative cores in
the independent test set. For the pre-specified operating point this translates
to sensitivity of 0.87 and specificity of 0.97. The corresponding positive and
negative predictive values were 0.67 and 0.99, respectively. For localizing the
regions of PNI within a slide we estimated an average intersection over union
of 0.50 (CI: 0.46-0.55).
Conclusion: We have developed an algorithm based on deep neural networks for
detecting PNI in prostate biopsies with apparently acceptable diagnostic
properties. These algorithms have the potential to aid pathologists in the
day-to-day work by drastically reducing the number of biopsy cores that need to
be assessed for PNI and by highlighting regions of diagnostic interest.
- Abstract(参考訳): 前立腺生検では,前立腺癌による周神経浸潤(PNI)の検出が予後不良と関連していることが明らかとなった。
PNIの評価と定量化は、労働集約的である。
本研究では,この課題の病理学者を支援する深層ニューラルネットワークに基づくアルゴリズムを開発することを目的とした。
方法:2012年から2014年までのSTHLM3臨床試験で生検を行った7,406名の男性から,約80,000個の生検コアのPNI所見を収集,デジタル化,およびピクセル単位で注釈した。
485個の生検コアでPNIを認めた。
またPNI陰性生検コアの10%以上(n=8,318)をデジタル化した。
男性の80%が無作為に選択したデジタル化生検はディープニューラルネットワークの構築に使われ、残りの20%はアルゴリズムの性能を評価するために使われた。
結果: 前立腺生検コアにおけるPNIの検出には, 独立試験セットの106個のPNI正コアと1,652個のPNI負コアに基づいて, 受信機動作特性曲線0.98(95% CI 0.97-0.99)を推定した。
予め特定された操作点では、感度は0.87、特異性は0.97となる。
正と負の予測値はそれぞれ0.67と0.99である。
スライド内のPNI領域をローカライズするために、平均交点は0.50(CI: 0.46-0.55)と見積もった。
結論: 前立腺生検におけるpni検出のための深層ニューラルネットワークに基づくアルゴリズムを開発した。
これらのアルゴリズムは、pniのために評価される必要がある生検コアの数を劇的に削減し、診断に興味のある領域を強調することで、日々の作業の病理学者を助ける可能性がある。
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