論文の概要: Hierarchical Inter-Message Passing for Learning on Molecular Graphs
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2006.12179v1
- Date: Mon, 22 Jun 2020 12:25:24 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2022-11-18 04:53:07.532255
- Title: Hierarchical Inter-Message Passing for Learning on Molecular Graphs
- Title(参考訳): 分子グラフ学習のための階層的メッセージ間パッシング
- Authors: Matthias Fey, Jan-Gin Yuen, Frank Weichert
- Abstract要約: 分子グラフを学習するための階層型ニューラルメッセージパッシングアーキテクチャを提案する。
我々の手法は、サイクルの検出など、古典的なGNNで知られているいくつかの制限を克服することができるが、それでも訓練は非常に効率的である。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 9.478108870211365
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: We present a hierarchical neural message passing architecture for learning on
molecular graphs. Our model takes in two complementary graph representations:
the raw molecular graph representation and its associated junction tree, where
nodes represent meaningful clusters in the original graph, e.g., rings or
bridged compounds. We then proceed to learn a molecule's representation by
passing messages inside each graph, and exchange messages between the two
representations using a coarse-to-fine and fine-to-coarse information flow. Our
method is able to overcome some of the restrictions known from classical GNNs,
like detecting cycles, while still being very efficient to train. We validate
its performance on the ZINC dataset and datasets stemming from the MoleculeNet
benchmark collection.
- Abstract(参考訳): 分子グラフを学習するための階層型ニューラルメッセージパッシングアーキテクチャを提案する。
我々のモデルは、生分子グラフ表現とそれに関連するジャンクションツリーという2つの相補的なグラフ表現を持ち、そこではノードは元のグラフにおいて意味のあるクラスタ、例えば環や架橋化合物を表す。
次に、各グラフ内でメッセージを渡すことによって分子の表現を学習し、粗く細かい情報フローを用いて2つの表現の間でメッセージを交換する。
我々の手法は、サイクルの検出など、古典的なGNNで知られているいくつかの制限を克服することができるが、それでも訓練は非常に効率的である。
我々は,MoreculeNetベンチマークコレクションから得られたZINCデータセットとデータセットの性能を検証する。
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