論文の概要: Multitask machine learning of collective variables for enhanced sampling
of rare events
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2012.03909v1
- Date: Mon, 7 Dec 2020 18:40:18 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2021-05-16 20:45:48.206973
- Title: Multitask machine learning of collective variables for enhanced sampling
of rare events
- Title(参考訳): 希少事象の高次サンプリングのための集合変数のマルチタスク機械学習
- Authors: Lixin Sun, Jonathan Vandermause, Simon Batzner, Yu Xie, David Clark,
Wei Chen, Boris Kozinsky
- Abstract要約: データ駆動の機械学習アルゴリズムは、ニューラルネットワークで集合変数を学習するために考案される。
その結果生じる潜在空間は、効果的な低次元表現であることが示される。
このアプローチは5d m"uller brownモデル、5d 3-wellモデル、および真空中のアラニンジペプチドを含むモデルシステムにうまく適用できる。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 9.632096602077919
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Computing accurate reaction rates is a central challenge in computational
chemistry and biology because of the high cost of free energy estimation with
unbiased molecular dynamics. In this work, a data-driven machine learning
algorithm is devised to learn collective variables with a multitask neural
network, where a common upstream part reduces the high dimensionality of atomic
configurations to a low dimensional latent space, and separate downstream parts
map the latent space to predictions of basin class labels and potential
energies. The resulting latent space is shown to be an effective
low-dimensional representation, capturing the reaction progress and guiding
effective umbrella sampling to obtain accurate free energy landscapes. This
approach is successfully applied to model systems including a 5D M\"uller Brown
model, a 5D three-well model, and alanine dipeptide in vacuum. This approach
enables automated dimensionality reduction for energy controlled reactions in
complex systems, offers a unified framework that can be trained with limited
data, and outperforms single-task learning approaches, including autoencoders.
- Abstract(参考訳): 計算正確な反応速度は、不偏の分子動力学による自由エネルギー推定のコストが高いため、計算化学と生物学において中心的な課題である。
この研究において、データ駆動機械学習アルゴリズムは、マルチタスクニューラルネットワークを用いて集合変数を学習するために考案され、共通の上流部は原子配置の高次元を低次元の潜在空間に還元し、下流部は潜在空間を盆地のラベルとポテンシャルエネルギーの予測にマッピングする。
得られた潜在空間は有効な低次元表現であり、反応の進行を捉え、効果的な傘サンプリングを導いて正確な自由エネルギー景観を得る。
このアプローチは5d m\"uller brownモデル、5d three-wellモデル、および真空中のアラニンジペプチドを含むモデルシステムにうまく適用できる。
このアプローチは、複雑なシステムにおけるエネルギー制御反応の自動次元化を可能にし、限られたデータでトレーニングできる統一フレームワークを提供し、オートエンコーダを含むシングルタスク学習アプローチよりも優れています。
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