論文の概要: An anatomically-informed 3D CNN for brain aneurysm classification with weak labels

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2012.08645v1
• Date: Fri, 27 Nov 2020 08:00:54 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2022-09-20 01:55:09.743418
• Title: An anatomically-informed 3D CNN for brain aneurysm classification with weak labels
• Title（参考訳）: 弱いラベルを持つ脳動脈瘤分類のための解剖学的インフォームド3D CNN
• Authors: Tommaso Di Noto, Guillaume Marie, S\'ebastien Tourbier, Yasser Alem\'an-G\'omez, Guillaume Saliou, Meritxell Bach Cuadra, Patric Hagmann, Jonas Richiardi
• Abstract要約: 弱いラベルを持つパッチワイドバイナリ分類として脳動脈瘤検出の課題に対処する。 当社のアプローチは,データセット生成の非自明な課題に端を発しています。 本稿では,マルチスケール・マルチインプット3D畳み込みニューラルネットワークを用いた新しい解剖学的手法を提案する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.2010294990327175
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: A commonly adopted approach to carry out detection tasks in medical imaging is to rely on an initial segmentation. However, this approach strongly depends on voxel-wise annotations which are repetitive and time-consuming to draw for medical experts. An interesting alternative to voxel-wise masks are so-called "weak" labels: these can either be coarse or oversized annotations that are less precise, but noticeably faster to create. In this work, we address the task of brain aneurysm detection as a patch-wise binary classification with weak labels, in contrast to related studies that rather use supervised segmentation methods and voxel-wise delineations. Our approach comes with the non-trivial challenge of the data set creation: as for most focal diseases, anomalous patches (with aneurysm) are outnumbered by those showing no anomaly, and the two classes usually have different spatial distributions. To tackle this frequent scenario of inherently imbalanced, spatially skewed data sets, we propose a novel, anatomically-driven approach by using a multi-scale and multi-input 3D Convolutional Neural Network (CNN). We apply our model to 214 subjects (83 patients, 131 controls) who underwent Time-Of-Flight Magnetic Resonance Angiography (TOF-MRA) and presented a total of 111 unruptured cerebral aneurysms. We compare two strategies for negative patch sampling that have an increasing level of difficulty for the network and we show how this choice can strongly affect the results. To assess whether the added spatial information helps improving performances, we compare our anatomically-informed CNN with a baseline, spatially-agnostic CNN. When considering the more realistic and challenging scenario including vessel-like negative patches, the former model attains the highest classification results (accuracy$\simeq$95\%, AUROC$\simeq$0.95, AUPR$\simeq$0.71), thus outperforming the baseline.
• Abstract（参考訳）: 医療画像における検出タスクを実行するための一般的なアプローチは、初期セグメンテーションに依存することである。 しかし、このアプローチは、医療専門家が描くのに反復的かつ時間のかかるvoxel-wiseアノテーションに強く依存している。 ボクセルのマスクに代わる興味深い選択肢は、いわゆる「弱」ラベルである。これらは粗いアノテーションか、より正確ではないが、作成が著しく高速な過大なアノテーションである。 本研究は,脳動脈瘤検出の課題を,教師付きセグメンテーション法やボクセルワイドデラインを用いた関連研究とは対照的に,弱いラベルを用いたパッチワイドバイナリ分類として扱う。 我々のアプローチは、ほとんどの焦点疾患と同様に、異常なパッチ(大動脈瘤を含む)は異常のないものよりも多く、通常2つのクラスは異なる空間分布を持つという、データセット作成の非自明な課題に起因している。 そこで本研究では,マルチスケール・マルチインプット・3D畳み込みニューラルネットワーク(CNN)を用いて,非バランスで空間的に歪んだデータセットの頻繁なシナリオに対処する。 今回我々は,tof-mra(time-of-flight magnetic resonance angiography)を施行した214名 (83名, 131名) の脳動脈瘤の111例を経験した。 我々は,ネットワークの難易度が増大する負のパッチサンプリングに対する2つの戦略を比較し,この選択が結果にどのように影響するかを示す。 付加された空間情報が性能向上に寄与するかどうかを評価するために, 解剖学的にインフォームドされたCNNと, ベースライン, 空間非依存のCNNを比較した。 容器のような負のパッチを含むより現実的で挑戦的なシナリオを考えると、前者は最も高い分類結果(精度$\simeq$95\%, AUROC$\simeq$0.95, AUPR$\simeq$0.71)を得た。

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