論文の概要: Deep learning-based super-resolution fluorescence microscopy on small datasets

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2103.04989v1
• Date: Sun, 7 Mar 2021 03:17:47 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2021-03-11 11:43:12.451860
• Title: Deep learning-based super-resolution fluorescence microscopy on small datasets
• Title（参考訳）: 深層学習に基づく小型データセットの超解像蛍光顕微鏡
• Authors: Varun Mannam, Yide Zhang, Xiaotong Yuan, and Scott Howard
• Abstract要約: ディープラーニングは、技術的障壁を減らし、回折制限画像から超解像を得る可能性を示している。 本稿では,小型データセットと超解像画像の訓練を成功させた畳み込みニューラルネットワークに基づく新しいアプローチを示す。 このモデルは、大規模なトレーニングデータセットの取得が困難なMRIやX線イメージングなどの他のバイオメディカルイメージングモードに適用することができます。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 20.349746411933495
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Fluorescence microscopy has enabled a dramatic development in modern biology by visualizing biological organisms with micrometer scale resolution. However, due to the diffraction limit, sub-micron/nanometer features are difficult to resolve. While various super-resolution techniques are developed to achieve nanometer-scale resolution, they often either require expensive optical setup or specialized fluorophores. In recent years, deep learning has shown the potentials to reduce the technical barrier and obtain super-resolution from diffraction-limited images. For accurate results, conventional deep learning techniques require thousands of images as a training dataset. Obtaining large datasets from biological samples is not often feasible due to the photobleaching of fluorophores, phototoxicity, and dynamic processes occurring within the organism. Therefore, achieving deep learning-based super-resolution using small datasets is challenging. We address this limitation with a new convolutional neural network-based approach that is successfully trained with small datasets and achieves super-resolution images. We captured 750 images in total from 15 different field-of-views as the training dataset to demonstrate the technique. In each FOV, a single target image is generated using the super-resolution radial fluctuation method. As expected, this small dataset failed to produce a usable model using traditional super-resolution architecture. However, using the new approach, a network can be trained to achieve super-resolution images from this small dataset. This deep learning model can be applied to other biomedical imaging modalities such as MRI and X-ray imaging, where obtaining large training datasets is challenging.
• Abstract（参考訳）: 蛍光顕微鏡は、生物をマイクロメートルスケールの解像度で可視化することで、現代の生物学における劇的な発展を可能にした。 しかし、回折限界のため、サブミクロン/ナノメータの特徴は解決しにくい。 ナノメートルの解像度を達成するために様々な超解像技術が開発されているが、高価な光学的セットアップや特殊なフルオロフォを必要とすることが多い。 近年、深層学習は、回折制限画像から技術的障壁を減らし、超解像を得る可能性を示している。 正確な結果を得るためには、従来のディープラーニング技術はトレーニングデータセットとして数千の画像を必要とする。 生物サンプルから大規模なデータセットを得ることは、フルオロフォアのフォトブレッシング、光毒性、生体内で起こる動的プロセスなどによっては実現できないことが多い。 したがって、小さなデータセットを用いたディープラーニングベースの超解像の実現は困難である。 この制限を、小さなデータセットでうまくトレーニングされ、超高解像度画像を実現する新しい畳み込みニューラルネットワークベースのアプローチで解決します。 トレーニングデータセットとして15の異なるフィールドオブビューから合計750枚の画像をキャプチャし,そのテクニックを実証した。 各FOVでは、超解像ラジアルゆらぎ法を用いて単一のターゲット画像を生成する。 予想通り、この小さなデータセットは、従来の超高解像度アーキテクチャを使用して使用可能なモデルを生成できなかった。 しかし、新しいアプローチを使用すると、ネットワークを訓練して、この小さなデータセットから超高解像度の画像を達成できます。 このディープラーニングモデルは、大規模なトレーニングデータセットの取得が困難なMRIやX線イメージングなどの他のバイオメディカルイメージングモードに適用できます。

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