論文の概要: Modern Hopfield Networks for Few- and Zero-Shot Reaction Prediction
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2104.03279v1
- Date: Wed, 7 Apr 2021 17:35:00 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2021-04-08 13:06:21.980891
- Title: Modern Hopfield Networks for Few- and Zero-Shot Reaction Prediction
- Title（参考訳）: ゼロショット反応予測のための最近のホップフィールドネットワーク
- Authors: Philipp Seidl, Philipp Renz, Natalia Dyubankova, Paulo Neves, Jonas
Verhoeven, J\"org K. Wegner, Sepp Hochreiter, G\"unter Klambauer
- Abstract要約: 物理分子を実現するコンピュータ支援合成計画(CASP)はまだ初期段階にあり、大規模な分子発見を可能にする性能レベルが欠けています。
コントラスト学習により最適化された最新のHopfieldネットワーク(MHN)を用いた深層学習アーキテクチャを用いた新しい反応予測手法を提案する。
その結果,mhnのコントラスト学習アプローチは,従来の手法と対照的に,レア,シングル,さらにはトレーニング例のない反応予測に対して,少数およびゼロショットの学習を可能にすることがわかった。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 3.885603826656419
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: An essential step in the discovery of new drugs and materials is the
synthesis of a molecule that exists so far only as an idea to test its
biological and physical properties. While computer-aided design of virtual
molecules has made large progress, computer-assisted synthesis planning (CASP)
to realize physical molecules is still in its infancy and lacks a performance
level that would enable large-scale molecule discovery. CASP supports the
search for multi-step synthesis routes, which is very challenging due to high
branching factors in each synthesis step and the hidden rules that govern the
reactions. The central and repeatedly applied step in CASP is reaction
prediction, for which machine learning methods yield the best performance. We
propose a novel reaction prediction approach that uses a deep learning
architecture with modern Hopfield networks (MHNs) that is optimized by
contrastive learning. An MHN is an associative memory that can store and
retrieve chemical reactions in each layer of a deep learning architecture. We
show that our MHN contrastive learning approach enables few- and zero-shot
learning for reaction prediction which, in contrast to previous methods, can
deal with rare, single, or even no training example(s) for a reaction. On a
well established benchmark, our MHN approach pushes the state-of-the-art
performance up by a large margin as it improves the predictive top-100 accuracy
from $0.858\pm0.004$ to $0.959\pm0.004$. This advance might pave the way to
large-scale molecule discovery.
- Abstract（参考訳）: 新しい薬物や物質の発見における重要なステップは、その生物学的および物理的性質をテストするアイデアとしてだけ存在する分子の合成である。
仮想分子のコンピュータ支援設計は大きな進歩を遂げているが、物理分子を実現するためのコンピュータ支援合成計画(CASP)はまだ初期段階であり、大規模な分子発見を可能にする性能レベルが欠如している。
CASPは多段階合成経路の探索をサポートしており、各合成工程における高い分岐因子と反応を支配する隠された規則のために非常に困難である。
CASPにおける中心的かつ繰り返し適用されるステップは反応予測であり、機械学習手法が最高のパフォーマンスをもたらす。
コントラスト学習により最適化された最新のホップフィールドネットワーク(MHN)を用いたディープラーニングアーキテクチャを用いた新しい反応予測手法を提案する。
MHNは、深層学習アーキテクチャの各層に化学反応を格納し、取り出すことのできる連想メモリである。
その結果,mhnのコントラスト学習アプローチは,従来の手法と対照的に,レア,シングル,さらにはトレーニング例のない反応予測に対して,少数およびゼロショットの学習を可能にすることがわかった。
確立されたベンチマークでは、MHNアプローチが最先端のパフォーマンスを大きく向上させ、予測トップ100の精度を0.858\pm0.004$から0.959\pm0.004$に向上させる。
この進歩は、大規模な分子発見への道を開くかもしれない。
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