論文の概要: Analysis of the first Genetic Engineering Attribution Challenge

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2110.11242v1
• Date: Thu, 14 Oct 2021 23:21:06 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2023-03-11 12:02:06.467583
• Title: Analysis of the first Genetic Engineering Attribution Challenge
• Title（参考訳）: 最初の遺伝子工学的帰属問題の解析
• Authors: Oliver M. Crook, Kelsey Lane Warmbrod, Greg Lipstein, Christine Chung, Christopher W. Bakerlee, T. Greg McKelvey Jr., Shelly R. Holland, Jacob L. Swett, Kevin M. Esvelt, Ethan C. Alley, and William J. Bradshaw
• Abstract要約: 第1回遺伝子工学属性チャレンジの結果を報告する。 トップスコーリングチームは、エンジニアシーケンスの真のラボ・オブ・オリジンを特定することで、従来のモデルよりも劇的にパフォーマンスを向上しました。 あるチームは、非常に高速なニューラルネットワークのないアプローチで非常に高い精度を達成した。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.11018458069795269
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: The ability to identify the designer of engineered biological sequences -- termed genetic engineering attribution (GEA) -- would help ensure due credit for biotechnological innovation, while holding designers accountable to the communities they affect. Here, we present the results of the first Genetic Engineering Attribution Challenge, a public data-science competition to advance GEA. Top-scoring teams dramatically outperformed previous models at identifying the true lab-of-origin of engineered sequences, including an increase in top-1 and top-10 accuracy of 10 percentage points. A simple ensemble of prizewinning models further increased performance. New metrics, designed to assess a model's ability to confidently exclude candidate labs, also showed major improvements, especially for the ensemble. Most winning teams adopted CNN-based machine-learning approaches; however, one team achieved very high accuracy with an extremely fast neural-network-free approach. Future work, including future competitions, should further explore a wide diversity of approaches for bringing GEA technology into practical use.
• Abstract（参考訳）: 遺伝子工学アトリビューション(gea:genetic engineering attribution, 遺伝子工学アトリビューション)と呼ばれる、遺伝子配列の設計者を特定する能力は、生物工学の革新に対する正当な信用を確保するのに役立つ。 本稿では,geaを推進するための公共データサイエンスコンペティションである第1回遺伝子工学アトリビューションチャレンジの結果を紹介する。 トップスケーリングチームは、10パーセンテージのtop-1とtop-10の精度向上を含む、エンジニアリングされたシーケンスの真のラボ・オブ・オリジンを識別する前のモデルを大きく上回った。 入賞モデルの単純なアンサンブルはさらに性能を高めた。 モデルが確実に実験室を除外できる能力を評価するために設計された新しい指標も、特にアンサンブルのために大きく改善された。 ほとんどの勝利チームはcnnベースの機械学習アプローチを採用したが、あるチームは非常に高速なニューラルネットワークフリーアプローチで非常に高い精度を達成した。 将来のコンペを含む今後の取り組みは、gea技術を実用化するための幅広いアプローチをさらに探究するべきである。

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