論文の概要: Deeper Clinical Document Understanding Using Relation Extraction
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2112.13259v1
- Date: Sat, 25 Dec 2021 17:14:13 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2021-12-29 07:40:09.713019
- Title: Deeper Clinical Document Understanding Using Relation Extraction
- Title（参考訳）: 関係抽出を用いた臨床文書理解の深化
- Authors: Hasham Ul Haq, Veysel Kocaman, David Talby
- Abstract要約: 名前付きエンティティ認識(NER)と関係抽出(RE)モデルからなるテキストマイニングフレームワークを提案する。
我々は2つの新しいREモデルアーキテクチャを導入し、BioBERTをベースとした精度最適化アーキテクチャと、フル接続ニューラルネットワーク(FCNN)上のクラフト機能を活用した速度最適化アーキテクチャを紹介した。
本稿では,この枠組みの実践的応用として,バイオメディカル知識グラフの構築と臨床コードへの実体マッピングの精度向上について述べる。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: The surging amount of biomedical literature & digital clinical records
presents a growing need for text mining techniques that can not only identify
but also semantically relate entities in unstructured data. In this paper we
propose a text mining framework comprising of Named Entity Recognition (NER)
and Relation Extraction (RE) models, which expands on previous work in three
main ways. First, we introduce two new RE model architectures -- an
accuracy-optimized one based on BioBERT and a speed-optimized one utilizing
crafted features over a Fully Connected Neural Network (FCNN). Second, we
evaluate both models on public benchmark datasets and obtain new
state-of-the-art F1 scores on the 2012 i2b2 Clinical Temporal Relations
challenge (F1 of 73.6, +1.2% over the previous SOTA), the 2010 i2b2 Clinical
Relations challenge (F1 of 69.1, +1.2%), the 2019 Phenotype-Gene Relations
dataset (F1 of 87.9, +8.5%), the 2012 Adverse Drug Events Drug-Reaction dataset
(F1 of 90.0, +6.3%), and the 2018 n2c2 Posology Relations dataset (F1 of 96.7,
+0.6%). Third, we show two practical applications of this framework -- for
building a biomedical knowledge graph and for improving the accuracy of mapping
entities to clinical codes. The system is built using the Spark NLP library
which provides a production-grade, natively scalable, hardware-optimized,
trainable & tunable NLP framework.
- Abstract（参考訳）: バイオメディカル文献とデジタル臨床記録の急増はテキストマイニング技術の必要性を高めており、非構造化データの実体を識別するだけでなく意味的に関連付けることもできる。
本稿では,先行研究を3つの方法で拡張した名前付きエンティティ認識(ner)と関係抽出(re)モデルからなるテキストマイニングフレームワークを提案する。
まず,BioBERTに基づく精度最適化アーキテクチャと,FCNN(Fully Connected Neural Network)上のクラフト機能を活用した速度最適化アーキテクチャの2つを紹介する。
第2に,2012年i2b2臨床時間関係チャレンジ(f1:73.6, +1.2%, 2010年i2b2臨床関係チャレンジ(f1: 69.1, +1.2%), 2019年表現型遺伝子関係データセット(f1: 87.9, +8.5%), 2012年有害薬物事象薬物反応データセット(f1: 90.0, +6.3%), 2018年n2c2ポソロジー関連データセット(96.7, +0.6%)の2つのモデルを評価した。
第3に,生物医学的知識グラフの構築と臨床コードへのエンティティマッピングの精度向上という,このフレームワークの2つの実践的応用例を示す。
システムはSpark NLPライブラリを使用して構築されており、プロダクショングレード、ネイティブにスケーラブル、ハードウェア最適化、トレーニング可能、チューニング可能なNLPフレームワークを提供する。
関連論文リスト
- Towards Effective and Efficient Continual Pre-training of Large Language Models [163.34610964970258]
CPT(Continuous pre-training)は、特定のドメインやタスクに言語モデルを適用する上で重要なアプローチである。
本稿では,Llama-3 (8B) の継続事前訓練に関する技術的報告を報告する。
バックボーンモデルの中国語能力と科学的推論能力を大幅に向上させる。
論文 参考訳（メタデータ） (2024-07-26T13:55:21Z) - Multi-objective Representation for Numbers in Clinical Narratives Using CamemBERT-bio [0.9208007322096533]
本研究の目的は,医学文献から抽出した数値を7つの生理カテゴリーに分類することである。
キーワード埋め込みをモデルに統合し、数に依存しない戦略を採用する、という2つの主要なイノベーションを紹介します。
従来のF1スコア0.89を上回り,CamemBERT-bioの有効性を著しく改善した。
論文 参考訳（メタデータ） (2024-05-28T01:15:21Z) - A Federated Learning Framework for Stenosis Detection [70.27581181445329]
本研究は,冠動脈造影画像(CA)の狭窄検出におけるFL(Federated Learning)の使用について検討した。
アンコナのOspedale Riuniti(イタリア)で取得した200人の患者1219枚の画像を含む2施設の異種データセットについて検討した。
データセット2には、文献で利用可能な90人の患者からの7492のシーケンシャルな画像が含まれている。
論文 参考訳（メタデータ） (2023-10-30T11:13:40Z) - PathLDM: Text conditioned Latent Diffusion Model for Histopathology [62.970593674481414]
そこで我々は,高品質な病理像を生成するためのテキスト条件付き遅延拡散モデルPathLDMを紹介した。
提案手法は画像とテキストデータを融合して生成プロセスを強化する。
我々は,TCGA-BRCAデータセット上でのテキスト・ツー・イメージ生成において,SoTA FIDスコア7.64を達成し,FID30.1と最も近いテキスト・コンディショナブル・コンペティタを著しく上回った。
論文 参考訳（メタデータ） (2023-09-01T22:08:32Z) - From Zero to Hero: Harnessing Transformers for Biomedical Named Entity Recognition in Zero- and Few-shot Contexts [0.0]
本稿では,生物医学領域におけるゼロショットNERと少数ショットNERの手法を提案する。
我々は、ゼロショットNERが35.44%、ワンショットNERが50.10%、10ショットNERが69.94%、100ショットNERが79.51%の平均スコアを達成した。
論文 参考訳（メタデータ） (2023-05-05T12:14:22Z) - Drug Synergistic Combinations Predictions via Large-Scale Pre-Training
and Graph Structure Learning [82.93806087715507]
薬物併用療法は、より有効で安全性の低い疾患治療のための確立された戦略である。
ディープラーニングモデルは、シナジスティックな組み合わせを発見する効率的な方法として登場した。
我々のフレームワークは、他のディープラーニングベースの手法と比較して最先端の結果を達成する。
論文 参考訳（メタデータ） (2023-01-14T15:07:43Z) - A Meta-GNN approach to personalized seizure detection and classification [53.906130332172324]
本稿では,特定の患者に限られた発作サンプルから迅速に適応できるパーソナライズされた発作検出・分類フレームワークを提案する。
トレーニング患者の集合からグローバルモデルを学ぶメタGNNベースの分類器を訓練する。
本手法は, 未確認患者20回に限って, 精度82.7%, F1スコア82.08%を達成し, ベースラインよりも優れていた。
論文 参考訳（メタデータ） (2022-11-01T14:12:58Z) - Clinical Relation Extraction Using Transformer-based Models [28.237302721228435]
我々は,BERT,RoBERTa,XLNetという3つのトランスフォーマーアーキテクチャに基づいた臨床REモデルを開発した。
我々は、RoBERTa-clinical REモデルが2018 MADE1.0データセットにおいて、F1スコア0.8958で最高のパフォーマンスを達成したことを実証した。
以上より, 臨床関係抽出における二分分類法は多クラス分類法よりも一貫して優れていた。
論文 参考訳（メタデータ） (2021-07-19T15:15:51Z) - Neural Entity Recognition with Gazetteer based Fusion [7.024494879945238]
そこで我々は,NERシステムを用いて補助的なガゼテアモデルを提案し,その結果,異なる臨床データセット間での堅牢性と解釈性が向上することを示した。
我々のガゼッテラーベース核融合モデルは、データ効率が良く、20%のトレーニングデータを用いてi2b2データセット上で+1.7マイクロF1ゲインを達成することができ、トレーニング中に提示されなかった新しいエンティティの言及に4.7マイクロF1ゲインをもたらす。
論文 参考訳（メタデータ） (2021-05-27T15:14:15Z) - Improving Clinical Document Understanding on COVID-19 Research with
Spark NLP [0.0]
世界的な新型コロナウイルスのパンデミックの後、ウイルスを研究する科学論文の数は大幅に増加しました。
これまでの取り組みを3つの方法で改善する臨床テキストマイニングシステムを紹介します。
まず、健康、解剖学、リスクファクター、有害事象の社会的決定要因を含む100以上の異なるエンティティタイプを認識することができます。
第2に、テキスト処理パイプラインは、アサーション状態検出を含み、患者以外の誰かの存在、欠如、条件付き、または、患者に関する臨床事実を区別する。
論文 参考訳（メタデータ） (2020-12-07T19:17:05Z) - Ensemble Transfer Learning for the Prediction of Anti-Cancer Drug
Response [49.86828302591469]
本稿では,抗がん剤感受性の予測にトランスファーラーニングを適用した。
我々は、ソースデータセット上で予測モデルをトレーニングし、ターゲットデータセット上でそれを洗練する古典的な転送学習フレームワークを適用した。
アンサンブル転送学習パイプラインは、LightGBMと異なるアーキテクチャを持つ2つのディープニューラルネットワーク(DNN)モデルを使用して実装されている。
論文 参考訳（メタデータ） (2020-05-13T20:29:48Z)
関連論文リストは本サイト内にある論文のタイトル・アブストラクトから自動的に作成しています。
指定された論文の情報です。
本サイトの運営者は本サイト（すべての情報・翻訳含む）の品質を保証せず、本サイト（すべての情報・翻訳含む）を使用して発生したあらゆる結果について一切の責任を負いません。