論文の概要: RAMANMETRIX: a delightful way to analyze Raman spectra
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2201.07586v1
- Date: Wed, 19 Jan 2022 13:20:28 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2022-01-20 14:56:47.060369
- Title: RAMANMETRIX: a delightful way to analyze Raman spectra
- Title（参考訳）: ramanmetrix:ramanのスペクトルを分析する楽しい方法
- Authors: Darina Storozhuk, Oleg Ryabchykov, Juergen Popp, Thomas Bocklitz
- Abstract要約: Raman分光ツールを臨床ルーチンに統合することを妨げる要因の1つは、データ処理ワークフローの複雑さである。
そこでRAMANMETRIXは,直感的なWebベースグラフィカルユーザインタフェース(GUI)を備えたユーザフレンドリーなソフトウェアとして紹介される。
このソフトウェアは、モデルトレーニングと、事前訓練されたモデルの新しいデータセットへの適用の両方に使用することができる。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
- License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
- Abstract: Although Raman spectroscopy is widely used for the investigation of
biomedical samples and has a high potential for use in clinical applications,
it is not common in clinical routines. One of the factors that obstruct the
integration of Raman spectroscopic tools into clinical routines is the
complexity of the data processing workflow. Software tools that simplify
spectroscopic data handling may facilitate such integration by familiarizing
clinical experts with the advantages of Raman spectroscopy.
Here, RAMANMETRIX is introduced as a user-friendly software with an intuitive
web-based graphical user interface (GUI) that incorporates a complete workflow
for chemometric analysis of Raman spectra, from raw data pretreatment to a
robust validation of machine learning models. The software can be used both for
model training and for the application of the pretrained models onto new data
sets. Users have full control of the parameters during model training, but the
testing data flow is frozen and does not require additional user input.
RAMANMETRIX is available in two versions: as standalone software and web
application. Due to the modern software architecture, the computational backend
part can be executed separately from the GUI and accessed through an
application programming interface (API) for applying a preconstructed model to
the measured data. This opens up possibilities for using the software as a data
processing backend for the measurement devices in real-time.
The models preconstructed by more experienced users can be exported and
reused for easy one-click data preprocessing and prediction, which requires
minimal interaction between the user and the software. The results of such
prediction and graphical outputs of the different data processing steps can be
exported and saved.
- Abstract（参考訳）: ラマン分光法は生物医学的サンプルの調査に広く用いられており、臨床応用での利用の可能性も高いが、臨床ルーチンでは一般的ではない。
Raman分光ツールを臨床ルーチンに統合することを妨げる要因の1つは、データ処理ワークフローの複雑さである。
分光データハンドリングを簡素化するソフトウェアツールは、臨床専門家とラマン分光法の利点を親しむことによって、そのような統合を促進する。
そこでRAMANMETRIXは、生データ前処理から機械学習モデルの堅牢な検証に至るまで、Ramanスペクトルの化学分析のための完全なワークフローを組み込んだ、直感的なWebベースのグラフィカルユーザインタフェース(GUI)を備えたユーザフレンドリーなソフトウェアとして紹介されている。
このソフトウェアは、モデルトレーニングと、新しいデータセットへの事前トレーニングされたモデルの適用の両方に使用できる。
ユーザはモデルトレーニング中にパラメータを完全にコントロールするが、データフローのテストは凍結され、追加のユーザ入力は必要ない。
RAMANMETRIXはスタンドアロンソフトウェアとWebアプリケーションという2つのバージョンで利用可能である。
現代のソフトウェアアーキテクチャのため、計算バックエンド部分はguiとは別々に実行でき、計測データに事前構築されたモデルを適用するためのアプリケーションプログラミングインタフェース(api)を介してアクセスすることができる。
これにより、リアルタイムで測定装置のデータ処理バックエンドとしてソフトウェアを使用する可能性が開ける。
より経験豊富なユーザによって構築されたモデルは、簡単なワンクリックデータ前処理と予測のためにエクスポートおよび再利用することができる。
このような予測と異なるデータ処理ステップのグラフィカル出力の結果をエクスポートして保存することができる。
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