論文の概要: G2GT: Retrosynthesis Prediction with Graph to Graph Attention Neural Network and Self-Training

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2204.08608v1
• Date: Tue, 19 Apr 2022 01:55:52 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2022-04-20 15:09:14.758705
• Title: G2GT: Retrosynthesis Prediction with Graph to Graph Attention Neural Network and Self-Training
• Title（参考訳）: G2GT:グラフからグラフへの注意ニューラルネットワークと自己学習による再合成予測
• Authors: Zaiyun Lin (Beijing Stonewise Technology) and Shiqiu Yin (Beijing Stonewise Technology) and Lei Shi (Beijing Stonewise Technology) and Wenbiao Zhou (Beijing Stonewise Technology) and YingSheng Zhang (Beijing Stonewise Technology)
• Abstract要約: 再合成予測は有機化学および関連分野における基本的な課題の1つである。 本稿では,グラフエンコーダとグラフデコーダを標準トランス構造上に構築した新しいグラフ-グラフ変換モデルG2GTを提案する。 本稿では,データ拡張手法である自己学習が,モデルの性能を著しく向上させることを示す。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Retrosynthesis prediction is one of the fundamental challenges in organic chemistry and related fields. The goal is to find reactants molecules that can synthesize product molecules. To solve this task, we propose a new graph-to-graph transformation model, G2GT, in which the graph encoder and graph decoder are built upon the standard transformer structure. We also show that self-training, a powerful data augmentation method that utilizes unlabeled molecule data, can significantly improve the model's performance. Inspired by the reaction type label and ensemble learning, we proposed a novel weak ensemble method to enhance diversity. We combined beam search, nucleus, and top-k sampling methods to further improve inference diversity and proposed a simple ranking algorithm to retrieve the final top-10 results. We achieved new state-of-the-art results on both the USPTO-50K dataset, with top1 accuracy of 54%, and the larger data set USPTO-full, with top1 accuracy of 50%, and competitive top-10 results.
• Abstract（参考訳）: 再合成予測は有機化学および関連分野における基本的な課題の1つである。 目的は、生成分子を合成できる反応分子を見つけることである。 そこで本研究では,グラフエンコーダとグラフデコーダを標準トランスフォーマ構造上に構築した新しいグラフ対グラフ変換モデルg2gtを提案する。 また,ラベルのない分子データを利用した強力なデータ拡張手法である自己学習が,モデルの性能を著しく向上することを示す。 反応型ラベルとアンサンブル学習に触発され,多様性を高めるための弱いアンサンブル法を提案した。 ビームサーチ, 核, トップkサンプリングを組み合わせ, 推論の多様性をさらに向上させ, 最終トップ10結果を得るための簡単なランキングアルゴリズムを提案した。 その結果,USPTO-50Kデータセットは54%の精度で,USPTO-Fullデータセットは50%の精度で,競合するトップ10は50%の精度で達成できた。

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