論文の概要: ProDesign: Toward effective and efficient protein design

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2209.12643v1
• Date: Thu, 22 Sep 2022 04:52:27 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2022-09-27 15:23:45.868040
• Title: ProDesign: Toward effective and efficient protein design
• Title（参考訳）: ProDesign: 効率的かつ効率的なタンパク質設計を目指して
• Authors: Zhangyang Gao, Cheng Tan, Stan Z. Li
• Abstract要約: 本稿では,新規な残基破砕剤とProGNN層を含むタンパク質配列をワンショットで生成するProDesignを提案する。 実験の結果、ProDesignはCATH 4.2で51.66%のリカバリが可能であり、推論速度はオートレグレッシブ・コンペティターの70倍速かった。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 37.937378787812264
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: How to design protein sequences folding into the desired structures effectively and efficiently? Structure-based protein design has attracted increasing attention in recent years; however, few methods can simultaneously improve the accuracy and efficiency due to the lack of expressive features and autoregressive sequence decoder. To address these issues, we propose ProDesign, which contains a novel residue featurizer and ProGNN layers to generate protein sequences in a one-shot way with improved recovery. Experiments show that ProDesign could achieve 51.66\% recovery on CATH 4.2, while the inference speed is 70 times faster than the autoregressive competitors. In addition, ProDesign achieves 58.72\% and 60.42\% recovery scores on TS50 and TS500, respectively. We conduct comprehensive ablation studies to reveal the role of different types of protein features and model designs, inspiring further simplification and improvement.
• Abstract（参考訳）: 所望の構造に折りたたむタンパク質配列を効果的に効率的に設計する方法? 近年、構造ベースのタンパク質設計が注目されているが、表現的特徴の欠如と自己回帰的配列デコーダにより、精度と効率を同時に向上できる方法はほとんどない。 これらの問題に対処するために,prodesignを提案する。prodesignは,新規な残基フェアチュレータとprognn層を含み,タンパク質配列をワンショットで生成し,回復性が向上する。 実験により、プロデザインはcath 4.2で51.66\%回復し、推論速度は自己回帰の競合相手の70倍速くなることが示された。 さらに、ProDesignはTS50とTS500でそれぞれ58.72\%と60.42\%のリカバリスコアを達成した。 種々のタンパク質の特徴とモデル設計の役割を明らかにするため、包括的アブレーション研究を行い、さらなる単純化と改善を促した。

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