論文の概要: GLACIAL: Granger and Learning-based Causality Analysis for Longitudinal Imaging Studies
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2210.07416v2
- Date: Wed, 18 Dec 2024 00:07:45 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2024-12-19 16:45:31.188092
- Title: GLACIAL: Granger and Learning-based Causality Analysis for Longitudinal Imaging Studies
- Title（参考訳）: GLACIAL--縦断イメージング研究のためのグラガーと学習に基づく因果解析-
- Authors: Minh Nguyen, Gia H. Ngo, Mert R. Sabuncu,
- Abstract要約: 本稿では,GLACIAL (Granger and LeArning-based CausalIty Analysis for Longitudinal study) という手法を用いて,この手法のギャップを埋める手法を提案する。
本稿では, GLACIAL (Granger and LeArning-based CausalIty Analysis for Longitudinal Studies) という手法を用いて, この方法論的ギャップを埋める手法を提案する。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 8.709178038700033
- License:
- Abstract: The Granger framework is useful for discovering causal relations in time-varying signals. However, most Granger causality (GC) methods are developed for densely sampled timeseries data. A substantially different setting, particularly common in medical imaging, is the longitudinal study design, where multiple subjects are followed and sparsely observed over time. Longitudinal studies commonly track several biomarkers, which are likely governed by nonlinear dynamics that might have subject-specific idiosyncrasies and exhibit both direct and indirect causes. Furthermore, real-world longitudinal data often suffer from widespread missingness. GC methods are not well-suited to handle these issues. In this paper, we propose an approach named GLACIAL (Granger and LeArning-based CausalIty Analysis for Longitudinal studies) to fill this methodological gap by marrying GC with a multi-task neural forecasting model. GLACIAL treats subjects as independent samples and uses the model's average prediction accuracy on hold-out subjects to probe causal links. Input dropout and model interpolation are used to efficiently learn nonlinear dynamic relationships between a large number of variables and to handle missing values respectively. Extensive simulations and experiments on a real longitudinal medical imaging dataset show GLACIAL beating competitive baselines and confirm its utility. Our code is available at https://github.com/mnhng/GLACIAL.
- Abstract（参考訳）: Grangerフレームワークは、時間変化信号の因果関係を発見するのに有用である。
しかし、ほとんどのグレンジャー因果性(GC)法は、密集した時系列データのために開発されている。
医用画像において特に一般的な、かなり異なる設定は、複数の被験者を追尾し、時間とともにまばらに観察する縦断的な研究設計である。
縦断的研究は一般にいくつかのバイオマーカーを追跡しており、これは主観固有の慣用性を持ち、直接的および間接的原因の両方を示す非線形力学によって支配されていると考えられる。
さらに、現実世界の長手データは、しばしば広範囲の欠落に悩まされる。
GCメソッドはこれらの問題に対処するのに適していません。
本稿では, GLACIAL (Granger and LeArning-based CausalIty Analysis for Longitudinal Studies) という手法を提案する。
GLACIALは、被験者を独立したサンプルとして扱い、ホールドアウト被験者の平均予測精度を使用して因果関係を探索する。
入力ドロップアウトとモデル補間は、多数の変数間の非線形動的関係を効率的に学習し、それぞれ欠落した値を扱うために使用される。
実時間医学画像データセットの大規模なシミュレーションと実験により、GLACIALは競争ベースラインを破り、その有用性を確認している。
私たちのコードはhttps://github.com/mnhng/GLACIAL.comから入手可能です。
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