論文の概要: Modeling Multivariate Biosignals With Graph Neural Networks and
Structured State Space Models
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2211.11176v2
- Date: Fri, 31 Mar 2023 23:10:52 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2023-04-05 00:10:57.153178
- Title: Modeling Multivariate Biosignals With Graph Neural Networks and
Structured State Space Models
- Title(参考訳): グラフニューラルネットワークと構造化状態空間モデルを用いた多変量生体信号のモデリング
- Authors: Siyi Tang, Jared A. Dunnmon, Liangqiong Qu, Khaled K. Saab, Tina
Baykaner, Christopher Lee-Messer, Daniel L. Rubin
- Abstract要約: 本稿では,生体信号分類タスクの性能を向上させるグラフニューラルネットワークアーキテクチャであるGraphS4merを紹介する。
提案手法を3つの生体信号分類タスクで評価し,GraphS4merが既存のモデルよりも一貫して改善されていることを示す。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 4.60242375182264
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Multivariate biosignals are prevalent in many medical domains, such as
electroencephalography, polysomnography, and electrocardiography. Modeling
spatiotemporal dependencies in multivariate biosignals is challenging due to
(1) long-range temporal dependencies and (2) complex spatial correlations
between the electrodes. To address these challenges, we propose representing
multivariate biosignals as time-dependent graphs and introduce GraphS4mer, a
general graph neural network (GNN) architecture that improves performance on
biosignal classification tasks by modeling spatiotemporal dependencies in
biosignals. Specifically, (1) we leverage the Structured State Space
architecture, a state-of-the-art deep sequence model, to capture long-range
temporal dependencies in biosignals and (2) we propose a graph structure
learning layer in GraphS4mer to learn dynamically evolving graph structures in
the data. We evaluate our proposed model on three distinct biosignal
classification tasks and show that GraphS4mer consistently improves over
existing models, including (1) seizure detection from electroencephalography
signals, outperforming a previous GNN with self-supervised pre-training by 3.1
points in AUROC; (2) sleep staging from polysomnography signals, a 4.1 points
improvement in macro-F1 score compared to existing sleep staging models; and
(3) 12-lead electrocardiogram classification, outperforming previous
state-of-the-art models by 2.7 points in macro-F1 score.
- Abstract(参考訳): 多変量バイオシグナールは、脳波、ポリソムノグラフィ、心電図など多くの医療領域で広く使われている。
多変量生体信号の時空間依存性のモデル化は,(1)長距離時間依存性と(2)電極間の複雑な空間相関により困難である。
これらの課題に対処するために,多変量バイオシグナーを時間依存グラフとして表現し,バイオシグナーの時空間依存性をモデル化して生体シグナー分類タスクの性能を向上させる汎用グラフニューラルネットワーク(GNN)アーキテクチャであるGraphS4merを提案する。
具体的には,(1)生体信号の長期的時間依存性を捉えるために,最先端のディープシーケンスモデルである構造化状態空間アーキテクチャを利用し,(2)グラフ構造学習層をgraphs4merで提案し,データ内の動的に進化するグラフ構造を学習する。
We evaluate our proposed model on three distinct biosignal classification tasks and show that GraphS4mer consistently improves over existing models, including (1) seizure detection from electroencephalography signals, outperforming a previous GNN with self-supervised pre-training by 3.1 points in AUROC; (2) sleep staging from polysomnography signals, a 4.1 points improvement in macro-F1 score compared to existing sleep staging models; and (3) 12-lead electrocardiogram classification, outperforming previous state-of-the-art models by 2.7 points in macro-F1 score.
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