論文の概要: Solving the HP model with Nested Monte Carlo Search

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2301.09533v1
• Date: Mon, 23 Jan 2023 16:35:51 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2023-01-24 12:57:27.711004
• Title: Solving the HP model with Nested Monte Carlo Search
• Title（参考訳）: Nested Monte Carlo SearchによるHPモデルの解法
• Authors: Milo Roucairol and Tristan Cazenave
• Abstract要約: 我々は,HPモデルにおけるタンパク質の基底状態エネルギーを求めるためのモンテカルロ探索法を提案する。 本稿では, PERM (Hsu and Grassberger 2011), REMC (Thachuk, Shmygelska, Hoos or WLRE (W"ust and Landau 2012) を参照。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 4.38602607138044
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: In this paper we present a new Monte Carlo Search (MCS) algorithm for finding the ground state energy of proteins in the HP-model. We also compare it briefly to other MCS algorithms not usually used on the HP-model and provide an overview of the algorithms used on HP-model. The algorithm presented in this paper does not beat state of the art algorithms, see PERM (Hsu and Grassberger 2011), REMC (Thachuk, Shmygelska, and Hoos 2007) or WLRE (W\"ust and Landau 2012) for better results. Hsu, H.-P.; and Grassberger, P. 2011. A review of Monte Carlo simulations of polymers with PERM. Journal of Statistical Physics, 144 (3): 597 to 637. Thachuk, C.; Shmygelska, A.; and Hoos, H. H. 2007. A replica exchange Monte Carlo algorithm for protein folding in the HP model. BMC Bioinformatics, 8(1): 342. W\"ust, T.; and Landau, D. P. 2012. Optimized Wang-Landau sampling of lattice polymers: Ground state search and folding thermodynamics of HP model proteins. The Journal of Chemical Physics, 137(6): 064903.
• Abstract（参考訳）: 本稿では,hpモデルにおけるタンパク質の基底状態エネルギーを求めるモンテカルロ探索(mcs)アルゴリズムを提案する。 また、HPモデルでは通常使われていない他のMCSアルゴリズムと比較し、HPモデルで使用されるアルゴリズムの概要を提供する。 本論文で提示されたアルゴリズムは,perm (hsu and grassberger 2011), remc (thachuk, shmygelska, hoos 2007) や wlre (w\"ust and landau 2012) など,最先端のアルゴリズムには勝っていない。 H、H。 -P。 and grassberger, p. 2011年。 PERMによる高分子のモンテカルロシミュレーションの概観 journal of statistical physics, 144 (3): 597 - 637。 タチュク c. とShmygelska, A。 とHoos, H. H. 2007。 HPモデルにおけるタンパク質折り畳みのためのモンテカルロの複製交換アルゴリズム bmcバイオインフォマティクス, 8(1): 342。 略称は「T」。 とLandau, D. P. 2012。 格子ポリマーの最適化Wang-Landauサンプリング:HPモデルタンパク質の基底状態探索と折り畳み熱力学 the journal of chemical physics, 137(6): 064903。

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