論文の概要: Self-contained Beta-with-Spikes Approximation for Inference Under a
Wright-Fisher Model
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2303.04691v2
- Date: Thu, 11 May 2023 15:59:00 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2023-05-12 18:02:14.292360
- Title: Self-contained Beta-with-Spikes Approximation for Inference Under a
Wright-Fisher Model
- Title（参考訳）: wright-fisherモデルによる推論のための自己完結型β-with-spikes近似
- Authors: Juan Guerrero Montero, Richard A. Blythe
- Abstract要約: right-Fisherモデル内での進化的パラメータの信頼性の高い推定を行う。
本手法は,アレル周波数分布に対するβ-with-Spikes近似に基づく解析手法である。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: We construct a reliable estimation of evolutionary parameters within the
Wright-Fisher model, which describes changes in allele frequencies due to
selection and genetic drift, from time-series data. Such data exists for
biological populations, for example via artificial evolution experiments, and
for the cultural evolution of behavior, such as linguistic corpora that
document historical usage of different words with similar meanings. Our method
of analysis builds on a Beta-with-Spikes approximation to the distribution of
allele frequencies predicted by the Wright-Fisher model. We introduce a
self-contained scheme for estimating the parameters in the approximation, and
demonstrate its robustness with synthetic data, especially in the
strong-selection and near-extinction regimes where previous approaches fail. We
further apply to allele frequency data for baker's yeast (Saccharomyces
cerevisiae), finding a significant signal of selection in cases where
independent evidence supports such a conclusion. We further demonstrate the
possibility of detecting time-points at which evolutionary parameters change in
the context of a historical spelling reform in the Spanish language.
- Abstract（参考訳）: 時系列データから,選択と遺伝的ドリフトによる対立頻度の変化を記述するライト・フィッシュモデルにおいて,進化パラメータの信頼性の高い推定を行う。
このようなデータは、例えば人工進化実験や、同様の意味を持つ異なる単語の歴史的使用を文書化した言語コーパスのような、行動の文化的進化のための生物集団に存在している。
本手法は,Wright-Fisherモデルにより予測されるアレル周波数の分布に対するBeta-with-Spikes近似に基づく。
近似におけるパラメータを推定するための自己完結型スキームを導入し、特に前回のアプローチが失敗する強選択・準指数法において、その堅牢性を合成データで示す。
さらにパン屋の酵母(Saccharomyces cerevisiae)のアレル頻度データにも適用し,このような結論を裏付ける独立した証拠が得られた場合に,選択の有意なシグナルを見出した。
さらに,スペイン語における歴史的綴り改革の文脈において,進化的パラメータが変化する時点を検出する可能性を示す。
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