論文の概要: Coarse-to-Fine: a Hierarchical Diffusion Model for Molecule Generation in 3D

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2305.13266v2
• Date: Fri, 26 May 2023 12:02:39 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2023-05-29 19:23:05.400693
• Title: Coarse-to-Fine: a Hierarchical Diffusion Model for Molecule Generation in 3D
• Title（参考訳）: 3次元における分子生成の階層的拡散モデル
• Authors: Bo Qiang, Yuxuan Song, Minkai Xu, Jingjing Gong, Bowen Gao, Hao Zhou, Weiying Ma, Yanyan Lan
• Abstract要約: 既存の方法は通常、原子分解能の分子を生成し、環のような固有の局所構造を無視する。 フラグメントに基づく分子生成は有望な戦略であるが、3D非自己回帰世代に適応することは容易ではない。 本稿では,この問題を解決するために,階層的拡散モデル(HierDiff)を提案する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 38.181969810488916
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Generating desirable molecular structures in 3D is a fundamental problem for drug discovery. Despite the considerable progress we have achieved, existing methods usually generate molecules in atom resolution and ignore intrinsic local structures such as rings, which leads to poor quality in generated structures, especially when generating large molecules. Fragment-based molecule generation is a promising strategy, however, it is nontrivial to be adapted for 3D non-autoregressive generations because of the combinational optimization problems. In this paper, we utilize a coarse-to-fine strategy to tackle this problem, in which a Hierarchical Diffusion-based model (i.e.~HierDiff) is proposed to preserve the validity of local segments without relying on autoregressive modeling. Specifically, HierDiff first generates coarse-grained molecule geometries via an equivariant diffusion process, where each coarse-grained node reflects a fragment in a molecule. Then the coarse-grained nodes are decoded into fine-grained fragments by a message-passing process and a newly designed iterative refined sampling module. Lastly, the fine-grained fragments are then assembled to derive a complete atomic molecular structure. Extensive experiments demonstrate that HierDiff consistently improves the quality of molecule generation over existing methods
• Abstract（参考訳）: 3Dで望ましい分子構造を生成することは、薬物発見の根本的な問題である。 私たちが達成した大きな進歩にもかかわらず、既存の方法では通常、原子分解能の分子を生成し、環のような固有の局所構造を無視し、特に大きな分子を生成する際には、生成した構造の質が低下する。 フラグメントに基づく分子生成は有望な戦略であるが, 組み合わせ最適化の問題から3次元非自己回帰世代に適用することは容易ではない。 本稿では,自己回帰モデルに頼らずに局所セグメントの有効性を維持するために階層的拡散モデル(HierDiff)を提案する。 具体的には、ヒアディフはまず、各粗粒のノードが分子の断片を反射する等変拡散過程を通じて粗粒の分子ジオメトリを生成する。 次に、粗粒度ノードを、メッセージパス処理と新しく設計された反復的なサンプリングモジュールにより細粒度フラグメントにデコードする。 最後に、細粒の断片が組み立てられ、完全な原子分子構造が導かれる。 ヒアディフは既存の方法よりも分子生成の質を一貫して改善する

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