論文の概要: BioCPT: Contrastive Pre-trained Transformers with Large-scale PubMed Search Logs for Zero-shot Biomedical Information Retrieval

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2307.00589v1
• Date: Sun, 2 Jul 2023 15:11:59 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2023-07-05 15:04:35.616607
• Title: BioCPT: Contrastive Pre-trained Transformers with Large-scale PubMed Search Logs for Zero-shot Biomedical Information Retrieval
• Title（参考訳）: BioCPT:ゼロショットバイオメディカル情報検索のための大規模PubMed検索ログ付きコントラスト事前学習トランス
• Authors: Qiao Jin, Won Kim, Qingyu Chen, Donald C. Comeau, Lana Yeganova, John Wilbur, Zhiyong Lu
• Abstract要約: ゼロショットバイオメディカルIRのための第1次コントラスト事前訓練トランスモデルであるBioCPTを紹介する。 BioCPTをトレーニングするために、PubMedから2億5500万のユーザクリックログを収集しました。 実験の結果,BioCPTは5つのバイオメディカルIRタスクに新しい最先端性能を設定できることがわかった。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 5.494752705029222
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Information retrieval (IR) is essential in biomedical knowledge acquisition and clinical decision support. While recent progress has shown that language model encoders perform better semantic retrieval, training such models requires abundant query-article annotations that are difficult to obtain in biomedicine. As a result, most biomedical IR systems only conduct lexical matching. In response, we introduce BioCPT, a first-of-its-kind Contrastively Pre-trained Transformer model for zero-shot biomedical IR. To train BioCPT, we collected an unprecedented scale of 255 million user click logs from PubMed. With such data, we use contrastive learning to train a pair of closely-integrated retriever and re-ranker. Experimental results show that BioCPT sets new state-of-the-art performance on five biomedical IR tasks, outperforming various baselines including much larger models such as GPT-3-sized cpt-text-XL. In addition, BioCPT also generates better biomedical article and sentence representations for semantic evaluations. As such, BioCPT can be readily applied to various real-world biomedical IR tasks. BioCPT API and code are publicly available at https://github.com/ncbi/BioCPT.
• Abstract（参考訳）: 情報検索(IR)は、バイオメディカル知識獲得と臨床決定支援に不可欠である。 近年,言語モデルエンコーダのセマンティック検索が向上していることが示されているが,このようなモデルのトレーニングには,バイオメディシンでは入手が困難である大量のクエリーアーティクルアノテーションが必要である。 その結果、ほとんどの生体赤外系は語彙マッチングのみを行う。 そこで本研究では,ゼロショットバイオメディカルIRのためのコントラスト事前学習トランスフォーマモデルであるBioCPTを紹介する。 BioCPTをトレーニングするために、PubMedから2億5500万のユーザクリックログを収集しました。 このようなデータを用いて、コントラスト学習を用いて、密接に統合されたレトリバーとリランクラーのペアを訓練する。 実験結果から,バイオCPTは5つのバイオメディカルIRタスクに新たな最先端性能を設定し,GPT-3サイズのcpt-text-XLのような大きなモデルを含む様々なベースラインを上回った。 さらに、BioCPTは、セマンティック評価のためのより良いバイオメディカル記事や文表現を生成する。 このように、バイオCPTは様々な現実世界の生体医学IRタスクに容易に適用できる。 BioCPT APIとコードはhttps://github.com/ncbi/BioCPTで公開されている。

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