論文の概要: Denoising Diffusion Probabilistic Models for Image Inpainting of Cell Distributions in the Human Brain

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2311.16821v1
• Date: Tue, 28 Nov 2023 14:34:04 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2023-11-29 18:20:18.724226
• Title: Denoising Diffusion Probabilistic Models for Image Inpainting of Cell Distributions in the Human Brain
• Title（参考訳）: denoising diffusion probabilistic models for image inpainting of cell distributions in the human brain (特集:バイオサイバネティックスとバイオサイバネティックス)
• Authors: Jan-Oliver Kropp, Christian Schiffer, Katrin Amunts, Timo Dickscheid
• Abstract要約: そこで本研究では,細胞-体間染色部の光顕微鏡スキャンにより学習した拡散確率モデル(DDPM)を提案する。 訓練したDDPMは,この目的のために非常にリアルな画像情報を生成でき,可塑性細胞統計と細胞構造パターンを生成できることを示す。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Recent advances in imaging and high-performance computing have made it possible to image the entire human brain at the cellular level. This is the basis to study the multi-scale architecture of the brain regarding its subdivision into brain areas and nuclei, cortical layers, columns, and cell clusters down to single cell morphology Methods for brain mapping and cell segmentation exploit such images to enable rapid and automated analysis of cytoarchitecture and cell distribution in complete series of histological sections. However, the presence of inevitable processing artifacts in the image data caused by missing sections, tears in the tissue, or staining variations remains the primary reason for gaps in the resulting image data. To this end we aim to provide a model that can fill in missing information in a reliable way, following the true cell distribution at different scales. Inspired by the recent success in image generation, we propose a denoising diffusion probabilistic model (DDPM), trained on light-microscopic scans of cell-body stained sections. We extend this model with the RePaint method to impute missing or replace corrupted image data. We show that our trained DDPM is able to generate highly realistic image information for this purpose, generating plausible cell statistics and cytoarchitectonic patterns. We validate its outputs using two established downstream task models trained on the same data.
• Abstract（参考訳）: 近年のイメージングと高性能コンピューティングの進歩により、ヒトの脳全体を細胞レベルで撮影することが可能になった。 これは、脳の領域、核、皮質層、柱、細胞クラスターへの分割に関する脳のマルチスケールアーキテクチャの研究の基礎であり、脳のマッピングと細胞分節化のための手法は、そのような画像を利用して、完全な組織学的断面における細胞構造と細胞分布の迅速かつ自動解析を可能にする。 しかし, 画像データの欠落, 組織の裂け目, 染色変化などによる画像データに必然的な処理アーティファクトが存在することが, 画像データのギャップの主な原因である。 この目的は,異なるスケールでの真の細胞分布に従って,行方不明情報を信頼性の高い方法で埋めることのできるモデルを提供することである。 近年の画像生成の成功に触発されて, 細胞体染色片の光顕微鏡走査を訓練したデノイジン拡散確率モデル(ddpm)を提案する。 我々は、このモデルをrepaintメソッドで拡張し、破損した画像データを挿入または置換する。 訓練したDDPMは,この目的のために非常にリアルな画像情報を生成し,可塑性細胞統計と細胞構造パターンを生成する。 同じデータに基づいてトレーニングされた2つの下流タスクモデルを用いて、その出力を検証する。

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