論文の概要: Transition Path Sampling with Boltzmann Generator-based MCMC Moves
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2312.05340v2
- Date: Tue, 28 May 2024 14:50:41 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-05-30 03:57:34.562618
- Title: Transition Path Sampling with Boltzmann Generator-based MCMC Moves
- Title（参考訳）: ボルツマン発電機を用いたMCMC移動を用いた遷移経路サンプリング
- Authors: Michael Plainer, Hannes Stärk, Charlotte Bunne, Stephan Günnemann,
- Abstract要約: サンプル遷移経路への現在のアプローチはマルコフ連鎖モンテカルロを用いており、新しい経路を見つけるために時間集約的な分子動力学シミュレーションに依存している。
我々の手法は、分子のボルツマン分布からガウスへ写像する正規化フローの潜在空間で機能し、分子シミュレーションを必要とせずに新しい経路を提案する。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 49.69940954060636
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Sampling all possible transition paths between two 3D states of a molecular system has various applications ranging from catalyst design to drug discovery. Current approaches to sample transition paths use Markov chain Monte Carlo and rely on time-intensive molecular dynamics simulations to find new paths. Our approach operates in the latent space of a normalizing flow that maps from the molecule's Boltzmann distribution to a Gaussian, where we propose new paths without requiring molecular simulations. Using alanine dipeptide, we explore Metropolis-Hastings acceptance criteria in the latent space for exact sampling and investigate different latent proposal mechanisms.
- Abstract（参考訳）: 分子系の2つの3次元状態間の全ての可能な遷移経路をサンプリングすることは、触媒設計から薬物発見まで、様々な応用がある。
サンプル遷移経路への現在のアプローチはマルコフ連鎖モンテカルロを用いており、新しい経路を見つけるために時間集約的な分子動力学シミュレーションに依存している。
我々の手法は、分子のボルツマン分布からガウスへ写像する正規化フローの潜在空間で機能し、分子シミュレーションを必要とせずに新しい経路を提案する。
アラニンジペプチドを用いて,潜伏空間におけるメトロポリス・ハスティングスの受容基準を調査し,様々な潜伏提案機構について検討した。
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