論文の概要: PhenDiff: Revealing Invisible Phenotypes with Conditional Diffusion
Models
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2312.08290v1
- Date: Wed, 13 Dec 2023 17:06:33 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2023-12-14 14:34:25.927855
- Title: PhenDiff: Revealing Invisible Phenotypes with Conditional Diffusion
Models
- Title（参考訳）: PhenDiff: 条件付き拡散モデルによる見えない現象の発見
- Authors: Anis Bourou, Thomas Boyer, K\'evin Daupin, V\'eronique Dubreuil,
Aur\'elie De Thonel, Val\'erie Mezger and Auguste Genovesio
- Abstract要約: PhenDiffは条件拡散モデルに基づく画像から画像への変換手法である。
PhenDiffは、生成された画像の品質と多様性において、CycleGANよりも優れていることを示す。
次に, 臓器の顕微鏡像に, 稀な神経発達障害によって引き起こされる異常な表現型変化を示すために本手法を適用した。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.769672852567215
- License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
- Abstract: Over the last five years, deep generative models have gradually been adopted
for various tasks in biological research. Notably, image-to-image translation
methods showed to be effective in revealing subtle phenotypic cell variations
otherwise invisible to the human eye. Current methods to achieve this goal
mainly rely on Generative Adversarial Networks (GANs). However, these models
are known to suffer from some shortcomings such as training instability and
mode collapse. Furthermore, the lack of robustness to invert a real image into
the latent of a trained GAN prevents flexible editing of real images. In this
work, we propose PhenDiff, an image-to-image translation method based on
conditional diffusion models to identify subtle phenotypes in microscopy
images. We evaluate this approach on biological datasets against previous work
such as CycleGAN. We show that PhenDiff outperforms this baseline in terms of
quality and diversity of the generated images. We then apply this method to
display invisible phenotypic changes triggered by a rare neurodevelopmental
disorder on microscopy images of organoids. Altogether, we demonstrate that
PhenDiff is able to perform high quality biological image-to-image translation
allowing to spot subtle phenotype variations on a real image.
- Abstract（参考訳）: 過去5年間で、生物研究における様々なタスクに深層生成モデルが徐々に採用されてきた。
特に、画像から画像への翻訳は、人間の目に見えない微妙な表現型細胞の変異を明らかにするのに有効であることが示されている。
この目標を達成するための現在の手法は主にGAN(Generative Adversarial Networks)に依存している。
しかし、これらのモデルはトレーニング不安定やモード崩壊といったいくつかの欠点に苦しむことが知られている。
さらに、訓練されたganの潜在性に実画像を反転させるロバスト性の欠如は、実画像のフレキシブルな編集を防止する。
本研究では,顕微鏡画像中の微妙な表現型を識別するための条件拡散モデルに基づく画像から画像への変換法phendiffを提案する。
バイオデータセットにおけるこのアプローチをcycleganのような以前の研究と対比して評価する。
PhenDiffは、生成した画像の品質と多様性において、このベースラインよりも優れていることを示す。
次に, 臓器の顕微鏡像に, 稀な神経発達障害によって引き起こされる異常な表現型変化を示すために本手法を適用した。
さらに、PhenDiffは、実画像に微妙な表現型変化を見出すことができる高品質の生物学的画像-画像変換を行うことができることを示した。
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