論文の概要: H-SynEx: Using synthetic images and ultra-high resolution ex vivo MRI
for hypothalamus subregion segmentation
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2401.17104v1
- Date: Tue, 30 Jan 2024 15:36:02 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-01-31 14:32:45.579350
- Title: H-SynEx: Using synthetic images and ultra-high resolution ex vivo MRI
for hypothalamus subregion segmentation
- Title（参考訳）: H-SynEx:視床下部領域分割のための合成画像と超高分解能生体外MRI
- Authors: Livia Rodrigues, Martina Bocchetta, Oula Puonti, Douglas Greve, Ana
Carolina Londe, Marcondes Fran\c{c}a, Simone Appenzeller, Juan Eugenio
Iglesias, Leticia Rittner
- Abstract要約: 超高分解能体外MRI画像から作成したラベルマップから合成した画像を用いて深層学習法H-synExを訓練した。
H-SynExは視床下部を様々なMRIシークエンスに分割し、大きなスライス間隔(5mm)を持つFLAIRシークエンスを含む。
また,5mm間隔のFLAIR画像では,自動セグメンテーションによりコントロールの識別が可能であった。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 1.0881137625498511
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Purpose: To develop a method for automated segmentation of hypothalamus
subregions informed by ultra-high resolution ex vivo magnetic resonance images
(MRI), which generalizes across MRI sequences and resolutions without
retraining.
Materials and Methods: We trained our deep learning method, H-synEx, with
synthetic images derived from label maps built from ultra-high resolution ex
vivo MRI scans, which enables finer-grained manual segmentation when compared
with 1mm isometric in vivo images. We validated this retrospective study using
1535 in vivo images from six datasets and six MRI sequences. The quantitative
evaluation used the Dice Coefficient (DC) and Average Hausdorff distance (AVD).
Statistical analysis compared hypothalamic subregion volumes in controls,
Alzheimer's disease (AD), and behavioral variant frontotemporal dementia
(bvFTD) subjects using the area under the curve (AUC) and Wilcoxon rank sum
test.
Results: H-SynEx can segment the hypothalamus across various MRI sequences,
encompassing FLAIR sequences with significant slice spacing (5mm). Using
hypothalamic volumes on T1w images to distinguish control from AD and bvFTD
patients, we observed AUC values of 0.74 and 0.79 respectively. Additionally,
AUC=0.66 was found for volume variation on FLAIR scans when comparing control
and non-patients.
Conclusion: Our results show that H-SynEx successfully leverages information
from ultra-high resolution scans to segment in vivo from different MRI
sequences such as T1w, T2w, PD, qT1, FA, and FLAIR. We also found that our
automated segmentation was able to discriminate controls versus patients on
FLAIR images with 5mm spacing. H-SynEx is openly available at
https://github.com/liviamarodrigues/hsynex.
- Abstract（参考訳）: 目的: 超高分解能mri(ultra-high resolution ex vivo magnetic resonance image)による視床下部部分領域の自動分割法を開発すること。
材料と方法:我々は,超高解像度ex vivomriスキャンから作成したラベルマップから得られた合成画像を用いて,深層学習法h-synexを訓練した。
6つのデータセットと6つのmriシークエンスから1535個のin vivo画像を用いて、この振り返り調査を行った。
Dice Coefficient (DC) と Average Hausdorff distance (AVD) を用いた定量的評価を行った。
統計学的には, 対照群, アルツハイマー病群, 行動変異型前頭葉認知症群 (bvftd) の視床下部サブリージョン容積を, 曲線下領域 (auc) とウィルコクソンランクサムテストを用いて比較した。
結果: H-SynExは視床下部を様々なMRIシークエンスに区分し, FLAIRシークエンスを有意なスライス間隔(5mm)で含む。
t1w画像上の視床下部容積を用いてad患者とbvftd患者を区別し,それぞれ0.74および0.79のauc値を認めた。
さらにAUC=0.66は、コントロールと非患者の比較においてFLAIRスキャンの体積変化が認められた。
結論: H-SynExはT1w, T2w, PD, qT1, FA, FLAIRなどのMRI画像から, 超高分解能スキャンの情報をインビボで抽出することに成功した。
また,5mm間隔のFLAIR画像では,自動セグメンテーションによりコントロールの識別が可能であった。
H-SynExはhttps://github.com/liviamarodrigues/hsynex.comで公開されている。
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