論文の概要: PQA: Zero-shot Protein Question Answering for Free-form Scientific Enquiry with Large Language Models

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2402.13653v2
• Date: Mon, 18 Nov 2024 19:32:06 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2024-11-20 13:33:24.115485
• Title: PQA: Zero-shot Protein Question Answering for Free-form Scientific Enquiry with Large Language Models
• Title（参考訳）: PQA:大規模言語モデルを用いたフリーフォーム科学調査のためのゼロショットタンパク質質問回答
• Authors: Eli M Carrami, Sahand Sharifzadeh,
• Abstract要約: Protein Question Answering (PQA) は、タスク固有のトレーニングなしで、幅広いタンパク質関連クエリに答えるように設計されたタスクである。 Pikaは、PQA用に調整された硬化した脱バイアスデータセットと、生化学的に関連するベンチマーク戦略で構成されている。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 4.5044944051958264
• License:
• Abstract: Understanding protein structure and function is crucial in biology. However, current computational methods are often task-specific and resource-intensive. To address this, we propose zero-shot Protein Question Answering (PQA), a task designed to answer a wide range of protein-related queries without task-specific training. The success of PQA hinges on high-quality datasets and robust evaluation strategies, both of which are lacking in current research. Existing datasets suffer from biases, noise, and lack of evolutionary context, while current evaluation methods fail to accurately assess model performance. We introduce the Pika framework to overcome these limitations. Pika comprises a curated, debiased dataset tailored for PQA and a biochemically relevant benchmarking strategy. We also propose multimodal large language models as a strong baseline for PQA, leveraging their natural language processing and knowledge. This approach promises a more flexible and efficient way to explore protein properties, advancing protein research. Our comprehensive PQA framework, Pika, including dataset, code, and model checkpoints, is openly accessible on github.com/EMCarrami/Pika, promoting wider research in the field.
• Abstract（参考訳）: タンパク質の構造と機能を理解することは生物学において重要である。 しかし、現在の計算手法はしばしばタスク固有であり、リソース集約である。 そこで本研究では,タスク固有のトレーニングを伴わずに,幅広いタンパク質関連クエリに応答するタスクであるゼロショットタンパク質質問応答(PQA)を提案する。 PQAの成功は、高品質なデータセットとロバストな評価戦略に依存しており、どちらも現在の研究に欠けている。 既存のデータセットはバイアス、ノイズ、進化的コンテキストの欠如に悩まされており、現在の評価手法ではモデルの性能を正確に評価できない。 これらの制限を克服するために、Pikaフレームワークを導入します。 Pikaは、PQA用に調整された硬化した脱バイアスデータセットと、生化学的に関連するベンチマーク戦略で構成されている。 また、PQAの強力なベースラインとして多モーダルな大規模言語モデルを提案し、その自然言語処理と知識を活用している。 このアプローチは、タンパク質の性質を探求し、タンパク質の研究を進める、より柔軟で効率的な方法を約束する。 我々の包括的なPQAフレームワークであるPikaは、データセット、コード、モデルチェックポイントを含み、github.com/EMCarrami/Pikaでオープンにアクセスでき、この分野の広範な研究を促進する。

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