論文の概要: Denoising Diffusion Models for 3D Healthy Brain Tissue Inpainting
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2403.14499v1
- Date: Thu, 21 Mar 2024 15:52:05 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-03-22 13:39:41.899490
- Title: Denoising Diffusion Models for 3D Healthy Brain Tissue Inpainting
- Title(参考訳): 3次元健常脳組織塗布における拡散モデルの検討
- Authors: Alicia Durrer, Julia Wolleb, Florentin Bieder, Paul Friedrich, Lester Melie-Garcia, Mario Ocampo-Pineda, Cosmin I. Bercea, Ibrahim E. Hamamci, Benedikt Wiestler, Marie Piraud, Özgür Yaldizli, Cristina Granziera, Bjoern H. Menze, Philippe C. Cattin, Florian Kofler,
- Abstract要約: 脳の構造的整合性に影響を与える疾患のモニタリングには、磁気共鳴(MR)画像の自動解析が必要である。
画像空間で作業する最先端の2D, 擬似3D, 3D法, および3D潜伏および3Dウェーブレット拡散モデルを修正し, 正常な脳組織を合成するよう訓練する。
評価の結果,擬似3次元モデルでは,構造相似指数,ピーク信号-雑音比,平均二乗誤差が最良であることがわかった。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 3.9347915104376168
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Monitoring diseases that affect the brain's structural integrity requires automated analysis of magnetic resonance (MR) images, e.g., for the evaluation of volumetric changes. However, many of the evaluation tools are optimized for analyzing healthy tissue. To enable the evaluation of scans containing pathological tissue, it is therefore required to restore healthy tissue in the pathological areas. In this work, we explore and extend denoising diffusion models for consistent inpainting of healthy 3D brain tissue. We modify state-of-the-art 2D, pseudo-3D, and 3D methods working in the image space, as well as 3D latent and 3D wavelet diffusion models, and train them to synthesize healthy brain tissue. Our evaluation shows that the pseudo-3D model performs best regarding the structural-similarity index, peak signal-to-noise ratio, and mean squared error. To emphasize the clinical relevance, we fine-tune this model on data containing synthetic MS lesions and evaluate it on a downstream brain tissue segmentation task, whereby it outperforms the established FMRIB Software Library (FSL) lesion-filling method.
- Abstract(参考訳): 脳の構造的整合性に影響を与える疾患のモニタリングには、容積変化の評価のために、MRI画像の自動解析が必要である。
しかし、多くの評価ツールは健康な組織を解析するために最適化されている。
病理組織を含むスキャンの評価を可能にするためには,病理領域の健全な組織を復元する必要がある。
本研究では,健常3次元脳組織の一貫した塗布のための拡散モデルについて検討し,拡張する。
画像空間で作業する最先端の2D, 擬似3D, 3D法, および3D潜伏および3Dウェーブレット拡散モデルを修正し, 正常な脳組織を合成するよう訓練する。
評価の結果,擬似3次元モデルでは,構造相似指数,ピーク信号-雑音比,平均二乗誤差が最良であることがわかった。
臨床関連性を強調するために、このモデルを合成MS病変を含むデータに基づいて微調整し、下流脳組織分節タスクで評価し、確立されたFMRIBソフトウェアライブラリー(FSL)の病変充満法より優れる。
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