Fugu-MT 論文翻訳(概要): Domain Adaptive and Fine-grained Anomaly Detection for Single-cell Sequencing Data and Beyond

論文の概要: Domain Adaptive and Fine-grained Anomaly Detection for Single-cell Sequencing Data and Beyond

arxiv url: http://arxiv.org/abs/2404.17454v2
Date: Mon, 29 Apr 2024 16:14:26 GMT
ステータス: 処理完了
システム内更新日: 2024-05-01 11:00:55.827318
Title: Domain Adaptive and Fine-grained Anomaly Detection for Single-cell Sequencing Data and Beyond
Title（参考訳）: 単一セルシークエンシングデータのドメイン適応的・きめ細かい異常検出
Authors: Kaichen Xu, Yueyang Ding, Suyang Hou, Weiqiang Zhan, Nisang Chen, Jun Wang, Xiaobo Sun,
Abstract要約: ACSleuthは, 異常細胞の検出, ドメイン適応, 微粒化アノテートを方法論的に結合したワークフローに統合した, 新規な再構成逸脱誘導型生成フレームワークである。この分析により, ACSleuth における新規かつ優れた平均誤差に基づく異常スコアリングの開発が可能となった。
参考スコア（独自算出の注目度）: 4.4136780724044735
License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
Abstract: Fined-grained anomalous cell detection from affected tissues is critical for clinical diagnosis and pathological research. Single-cell sequencing data provide unprecedented opportunities for this task. However, current anomaly detection methods struggle to handle domain shifts prevalent in multi-sample and multi-domain single-cell sequencing data, leading to suboptimal performance. Moreover, these methods fall short of distinguishing anomalous cells into pathologically distinct subtypes. In response, we propose ACSleuth, a novel, reconstruction deviation-guided generative framework that integrates the detection, domain adaptation, and fine-grained annotating of anomalous cells into a methodologically cohesive workflow. Notably, we present the first theoretical analysis of using reconstruction deviations output by generative models for anomaly detection in lieu of domain shifts. This analysis informs us to develop a novel and superior maximum mean discrepancy-based anomaly scorer in ACSleuth. Extensive benchmarks over various single-cell data and other types of tabular data demonstrate ACSleuth's superiority over the state-of-the-art methods in identifying and subtyping anomalies in multi-sample and multi-domain contexts. Our code is available at https://github.com/Catchxu/ACsleuth.
Abstract（参考訳）: 臨床診断と病理研究において, 病変組織からの顆粒状異常細胞の検出が重要である。シングルセルシークエンシングデータは、このタスクに前例のない機会を提供する。しかし、現在の異常検出手法は、マルチサンプルとマルチドメインの単一セルシークエンシングデータでよく見られるドメインシフトの処理に苦慮し、亜最適性能をもたらす。さらに、これらの手法は異常細胞を病理学的に異なるサブタイプに区別することができない。そこで本研究では, 異常細胞の検出, ドメイン適応, 微粒化アノテートを方法論的に結合したワークフローに統合する新規な再構成偏差誘導型生成フレームワーク ACSleuth を提案する。特に、生成モデルにより出力される再構成偏差をドメインシフトの代わりに異常検出に利用した最初の理論的解析について述べる。この分析により, ACSleuth における新規かつ優れた平均誤差に基づく異常スコアリングの開発が可能となった。様々な単一セルデータやその他の表型データに対する広範囲なベンチマークは、マルチサンプルおよびマルチドメインコンテキストにおける異常の特定とサブタイピングにおいて、最先端の手法よりもACSleuthの方が優れていることを示している。私たちのコードはhttps://github.com/Catchxu/ACsleuth.comで公開されています。

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