論文の概要: SciJava Ops: An Improved Algorithms Framework for Fiji and Beyond
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2405.12385v1
- Date: Mon, 20 May 2024 21:40:08 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-05-22 14:47:55.576885
- Title: SciJava Ops: An Improved Algorithms Framework for Fiji and Beyond
- Title（参考訳）: SciJava Ops: FijiとBeyondのための改良されたアルゴリズムフレームワーク
- Authors: Gabriel J. Selzer, Curtis T. Rueden, Mark C. Hiner, Edward L. Evans III, David Kolb, Marcel Wiedenmann, Christian Birkhold, Tim-Oliver Buchholz, Stefan Helfrich, Brian Northan, Alison Walter, Johannes Schindelin, Tobias Pietzsch, Stephan Saalfeld, Michael R. Berthold, Kevin W. Eliceiri,
- Abstract要約: 画像分野で最も広く使われているプラットフォームのひとつに、科学画像分析のための人気のあるオープンソースアプリケーションであるFijiがある。
プラグインベースのソフトウェアアーキテクチャは、互換性のないデータ構造で動作する異なるプラットフォームを統合することはできない。
我々は,アルゴリズムをプラグインとして統一的に表現するための基礎的なソフトウェアライブラリであるSciJava Opsを紹介する。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 3.3964251948259747
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Many scientific software platforms provide plugin mechanisms that simplify the integration, deployment, and execution of externally developed functionality. One of the most widely used platforms in the imaging space is Fiji, a popular open-source application for scientific image analysis. Fiji incorporates and builds on the ImageJ and ImageJ2 platforms, which provide a powerful plugin architecture used by thousands of plugins to solve a wide variety of problems. This capability is a major part of Fiji's success, and it has become a widely used biological image analysis tool and a target for new functionality. However, a plugin-based software architecture cannot unify disparate platforms operating on incompatible data structures; interoperability necessitates the creation of adaptation or "bridge" layers to translate data and invoke functionality. As a result, while platforms like Fiji enable a high degree of interconnectivity and extensibility, they were not fundamentally designed to integrate across the many data types, programming languages, and architectural differences of various software platforms.To help address this challenge, we present SciJava Ops, a foundational software library for expressing algorithms as plugins in a unified and extensible way. Continuing the evolution of Fiji's SciJava plugin mechanism, SciJava Ops enables users to harness algorithms from various software platforms within a central execution environment. In addition, SciJava Ops automatically adapts data into the most appropriate structure for each algorithm, allowing users to freely and transparently combine algorithms from otherwise incompatible tools. While SciJava Ops is initially distributed as a Fiji update site, the framework does not require Fiji, ImageJ, or ImageJ2, and would be suitable for integration with additional image analysis platforms.
- Abstract（参考訳）: 多くの科学ソフトウェアプラットフォームは、外部開発機能の統合、デプロイ、実行を簡単にするプラグインメカニズムを提供している。
画像分野で最も広く使われているプラットフォームのひとつに、科学画像分析のための人気のあるオープンソースアプリケーションであるFijiがある。
FijiにはImageJとImageJ2プラットフォームが組み込まれており、多様な問題を解決するために数千のプラグインが使用する強力なプラグインアーキテクチャを提供する。
この機能はFijiの成功の重要な部分であり、生体画像解析ツールとして広く使われ、新機能のターゲットとなっている。
しかし、プラグインベースのソフトウェアアーキテクチャは、互換性のないデータ構造で動作する異なるプラットフォームを統合することはできない。
その結果、Fijiのようなプラットフォームは高い相互接続性と拡張性を実現していますが、多くのデータタイプ、プログラミング言語、さまざまなソフトウェアプラットフォームのアーキテクチャ上の違いをまたいで統合するように設計されていません。この課題に対処するために、我々はSciJava Opsという、プラグインとしてアルゴリズムを表現するための基礎的なソフトウェアライブラリを紹介します。
FijiのSciJavaプラグインメカニズムの進化を続けているSciJava Opsは、中央実行環境内のさまざまなソフトウェアプラットフォームからのアルゴリズムを活用することができる。
さらに、SciJava Opsは、各アルゴリズムの最も適切な構造に自動的にデータを適応し、ユーザーが自由に透過的に非互換なツールのアルゴリズムを組み合わせられるようにする。
SciJava Opsは最初はFijiのアップデートサイトとして配布されるが、フレームワークはFiji、ImageJ、ImageJ2を必要としない。
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