Fugu-MT 論文翻訳(概要): Adapting Differential Molecular Representation with Hierarchical Prompts for Multi-label Property Prediction

論文の概要: Adapting Differential Molecular Representation with Hierarchical Prompts for Multi-label Property Prediction

arxiv url: http://arxiv.org/abs/2405.18724v2
Date: Sun, 11 Aug 2024 07:02:54 GMT
ステータス: 処理完了
システム内更新日: 2024-08-13 21:12:59.764717
Title: Adapting Differential Molecular Representation with Hierarchical Prompts for Multi-label Property Prediction
Title（参考訳）: 多ラベル特性予測のための階層型プロンプトを用いた微分分子表現の適応
Authors: Linjia Kang, Songhua Zhou, Shuyan Fang, Shichao Liu,
Abstract要約: HiPMは階層的に誘導される分子表現学習フレームワークである。私たちのフレームワークは、分子表現(MRE)とタスク認識プロンプタ(TAP)の2つのコアコンポーネントで構成されています。
参考スコア（独自算出の注目度）: 2.344198904343022
License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
Abstract: Accurate prediction of molecular properties is crucial in drug discovery. Traditional methods often overlook that real-world molecules typically exhibit multiple property labels with complex correlations. To this end, we propose a novel framework, HiPM, which stands for hierarchical prompted molecular representation learning framework. HiPM leverages task-aware prompts to enhance the differential expression of tasks in molecular representations and mitigate negative transfer caused by conflicts in individual task information. Our framework comprises two core components: the Molecular Representation Encoder (MRE) and the Task-Aware Prompter (TAP). MRE employs a hierarchical message-passing network architecture to capture molecular features at both the atom and motif levels. Meanwhile, TAP utilizes agglomerative hierarchical clustering algorithm to construct a prompt tree that reflects task affinity and distinctiveness, enabling the model to consider multi-granular correlation information among tasks, thereby effectively handling the complexity of multi-label property prediction. Extensive experiments demonstrate that HiPM achieves state-of-the-art performance across various multi-label datasets, offering a novel perspective on multi-label molecular representation learning.
Abstract（参考訳）: 分子特性の正確な予測は、薬物発見に不可欠である。従来の手法では、現実世界の分子が複雑な相関を持つ複数の特性ラベルを持つのが一般的である。そこで本研究では,階層的な分子表現学習フレームワークであるHiPMを提案する。 HiPMは、タスク認識プロンプトを利用して、分子表現におけるタスクの差分表現を強化し、個々のタスク情報の衝突に起因する負の移動を緩和する。本フレームワークは,分子表現エンコーダ(MRE)とタスク認識プロンプタ(TAP)の2つのコアコンポーネントから構成される。 MREは、原子レベルとモチーフレベルの両方で分子の特徴を捉えるために、階層的なメッセージパッシングネットワークアーキテクチャを採用している。一方、TAPは集約的階層的クラスタリングアルゴリズムを用いて、タスク親和性と特徴性を反映したプロンプトツリーを構築し、タスク間の多粒性相関情報を考慮し、マルチラベル特性予測の複雑さを効果的に処理する。大規模な実験により、HiPMは様々なマルチラベルデータセットにまたがって最先端のパフォーマンスを達成し、マルチラベル分子表現学習の新しい視点を提供する。

関連論文リスト

UniMatch: Universal Matching from Atom to Task for Few-Shot Drug Discovery [24.39705006290841]
我々は、明示的な階層的分子マッチングと暗黙的なタスクレベルマッチングを統合したデュアルマッチングフレームワークUniMatch(UniMatch)を紹介する。具体的には、階層的なプーリングとマッチングによって、原子、サブ構造、分子など、複数のレベルの構造的特徴を捉える。実験の結果,UniMatchはMoreculeNetおよびFS-Molベンチマークで最先端の手法より優れていることがわかった。
論文参考訳（メタデータ） (2025-02-18T02:36:03Z)
DiffMS: Diffusion Generation of Molecules Conditioned on Mass Spectra [60.39311767532607]
DiffMSは式制限エンコーダ-デコーダ生成ネットワークである。我々は、潜伏埋め込みと分子構造を橋渡しする頑健なデコーダを開発する。実験の結果、DiffMS は $textitde novo$ 分子生成で既存のモデルより優れていることが示された。
論文参考訳（メタデータ） (2025-02-13T18:29:48Z)
Graph-based Molecular In-context Learning Grounded on Morgan Fingerprints [28.262593876388397]
In-context Learning (ICL) では、プロパティ予測や分子キャプションなどの分子タスクのための大規模言語モデル(LLM)を、慎重に選択された実演例を入力プロンプトに埋め込む。しかし、現在の分子タスクのプロンプト検索法は、モーガン指紋のような分子の特徴的類似性に依存しており、これはグローバル分子と原子結合の関係を適切に捉えていない。本稿では,グローバル分子構造をグラフニューラルネットワーク(GNN)とテキストキャプション(記述)に整合させ,モーガン指紋による局所的特徴類似性を活用する自己教師付き学習手法GAMICを提案する。
論文参考訳（メタデータ） (2025-02-08T02:46:33Z)
FARM: Functional Group-Aware Representations for Small Molecules [55.281754551202326]
小型分子のための機能的グループ認識表現(FARM)について紹介する。 FARMはSMILES、自然言語、分子グラフのギャップを埋めるために設計された基礎モデルである。 MoleculeNetデータセット上でFARMを厳格に評価し、12タスク中10タスクで最先端のパフォーマンスを実現しています。
論文参考訳（メタデータ） (2024-10-02T23:04:58Z)
Knowledge-enhanced Relation Graph and Task Sampling for Few-shot Molecular Property Prediction [7.302312984575165]
本稿では,新しいメタラーニングFSMPPフレームワーク(KRGTS)を提案する。 KRGTSは知識強化リレーショナルグラフモジュールとタスクサンプリングモジュールで構成される。経験的に、5つのデータセットに対する広範な実験は、さまざまな最先端手法よりもKRGTSの方が優れていることを示した。
論文参考訳（メタデータ） (2024-05-24T13:31:19Z)
Data-Efficient Molecular Generation with Hierarchical Textual Inversion [48.816943690420224]
分子生成のための階層型テキスト変換法 (HI-Mol) を提案する。 HI-Molは分子分布を理解する上での階層的情報、例えば粗い特徴ときめ細かい特徴の重要性にインスパイアされている。単一レベルトークン埋め込みを用いた画像領域の従来のテキストインバージョン法と比較して, マルチレベルトークン埋め込みにより, 基礎となる低ショット分子分布を効果的に学習することができる。
論文参考訳（メタデータ） (2024-05-05T08:35:23Z)
Instruction Multi-Constraint Molecular Generation Using a Teacher-Student Large Language Model [49.64512917330373]
本稿では,学生に類似した多制約分子生成大言語モデルTSMMGを紹介する。 TSMMGを訓練するために、これらの「教師」から分子知識を抽出し、大量のテキスト-分子対を構築する。我々は,TSMMGが複雑で自然言語で記述された特性を満たす分子を生成できることを実験的に明らかにした。
論文参考訳（メタデータ） (2024-03-20T02:15:55Z)
MultiModal-Learning for Predicting Molecular Properties: A Framework Based on Image and Graph Structures [2.5563339057415218]
MolIGは、画像とグラフ構造に基づいて分子特性を予測するための、新しいMultiModaL分子事前学習フレームワークである。両者の分子表現の強さを融合させる。ベンチマークグループ内の分子特性予測に関連する下流タスクでは、パフォーマンスが向上する。
論文参考訳（メタデータ） (2023-11-28T10:28:35Z)
Implicit Geometry and Interaction Embeddings Improve Few-Shot Molecular Property Prediction [53.06671763877109]
我々は, 複雑な分子特性を符号化した分子埋め込みを開発し, 数発の分子特性予測の性能を向上させる。我々の手法は大量の合成データ、すなわち分子ドッキング計算の結果を利用する。複数の分子特性予測ベンチマークでは、埋め込み空間からのトレーニングにより、マルチタスク、MAML、プロトタイプラーニング性能が大幅に向上する。
論文参考訳（メタデータ） (2023-02-04T01:32:40Z)
t-SMILES: A Scalable Fragment-based Molecular Representation Framework for De Novo Molecule Generation [9.116670221263753]
本研究では, t-SMILESと呼ばれる, フレキシブル, フラグメントベース, マルチスケールな分子表現フレームワークを提案する。フラグメント化された分子グラフから生成された全二分木上で幅優先探索を行うことにより得られるSMILES型文字列を用いて分子を記述する。従来のSMILES、DeepSMILES、SELFIES、ベースラインモデルをゴール指向タスクで大幅に上回っている。
論文参考訳（メタデータ） (2023-01-04T21:41:01Z)
ASGN: An Active Semi-supervised Graph Neural Network for Molecular Property Prediction [61.33144688400446]
本稿では,ラベル付き分子とラベルなし分子の両方を組み込んだ,アクティブ半教師付きグラフニューラルネットワーク(ASGN)を提案する。教師モデルでは,分子構造や分子分布から情報を共同で活用する汎用表現を学習するための,新しい半教師付き学習手法を提案する。最後に,分子多様性の観点から,フレームワーク学習全体を通して情報的データを選択するための新しい能動的学習戦略を提案する。
論文参考訳（メタデータ） (2020-07-07T04:22:39Z)

関連論文リストは本サイト内にある論文のタイトル・アブストラクトから自動的に作成しています。

指定された論文の情報です。
本サイトの運営者は本サイト（すべての情報・翻訳含む）の品質を保証せず、本サイト（すべての情報・翻訳含む）を使用して発生したあらゆる結果について一切の責任を負いません。