論文の概要: A Fine-tuning Dataset and Benchmark for Large Language Models for Protein Understanding

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2406.05540v1
• Date: Sat, 8 Jun 2024 18:11:30 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-06-11 19:16:08.537117
• Title: A Fine-tuning Dataset and Benchmark for Large Language Models for Protein Understanding
• Title（参考訳）: タンパク質理解のための大規模言語モデルのための微調整データセットとベンチマーク
• Authors: Yiqing Shen, Zan Chen, Michail Mamalakis, Luhan He, Haiyang Xia, Tianbin Li, Yanzhou Su, Junjun He, Yu Guang Wang,
• Abstract要約: ProteinLMBenchは、LCMのタンパク質理解能力を評価するために、手動で検証された多重選択質問からなる最初のベンチマークデータセットである。 ProteinLMDatasetは、さらに自己教師付き事前トレーニングと教師付き微調整のために設計されたデータセットである。 インターンLM2-7BはProteinLMDatasetで事前訓練され微調整され、ProteinLMBenchでGPT-4を上回り、高い精度のスコアを得た。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 10.652670673334486
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: The parallels between protein sequences and natural language in their sequential structures have inspired the application of large language models (LLMs) to protein understanding. Despite the success of LLMs in NLP, their effectiveness in comprehending protein sequences remains an open question, largely due to the absence of datasets linking protein sequences to descriptive text. Researchers have then attempted to adapt LLMs for protein understanding by integrating a protein sequence encoder with a pre-trained LLM. However, this adaptation raises a fundamental question: "Can LLMs, originally designed for NLP, effectively comprehend protein sequences as a form of language?" Current datasets fall short in addressing this question due to the lack of a direct correlation between protein sequences and corresponding text descriptions, limiting the ability to train and evaluate LLMs for protein understanding effectively. To bridge this gap, we introduce ProteinLMDataset, a dataset specifically designed for further self-supervised pretraining and supervised fine-tuning (SFT) of LLMs to enhance their capability for protein sequence comprehension. Specifically, ProteinLMDataset includes 17.46 billion tokens for pretraining and 893,000 instructions for SFT. Additionally, we present ProteinLMBench, the first benchmark dataset consisting of 944 manually verified multiple-choice questions for assessing the protein understanding capabilities of LLMs. ProteinLMBench incorporates protein-related details and sequences in multiple languages, establishing a new standard for evaluating LLMs' abilities in protein comprehension. The large language model InternLM2-7B, pretrained and fine-tuned on the ProteinLMDataset, outperforms GPT-4 on ProteinLMBench, achieving the highest accuracy score. The dataset and the benchmark are available at https://huggingface.co/datasets/tsynbio/ProteinLMBench.
• Abstract（参考訳）: タンパク質配列とそれらの配列構造における自然言語の並行性は、タンパク質理解への大規模言語モデル(LLM)の適用にインスピレーションを与えている。 NLP における LLM の成功にもかかわらず、タンパク質配列の解釈の有効性は、主にタンパク質配列と記述テキストをリンクするデータセットがないために、未解決の問題である。 その後、研究者は、タンパク質配列エンコーダと事前訓練されたLLMを統合することで、LLMをタンパク質理解に適応させようとした。 しかし、この適応は根本的な疑問を提起する: "Can LLMs, originally designed for NLP, effectively comhend protein sequences as a form of language? 現在のデータセットは、タンパク質配列と対応するテキスト記述との直接的な相関が欠如しているため、この問題に対処するのに不足している。 このギャップを埋めるために、我々は、タンパク質配列の理解能力を高めるために、LLMのさらなる自己教師付き事前学習と教師付き微調整(SFT)のために設計されたデータセットであるProteinLMDatasetを紹介する。 具体的には、ProteinLMDatasetには、事前トレーニングのための176億のトークンと、SFTのための893,000の命令が含まれている。 さらに,LCMのタンパク質理解能力を評価するために,第1のベンチマークデータセットであるProteinLMBenchを提案する。 ProteinLMBenchは、タンパク質関連の詳細と配列を複数の言語に含み、タンパク質理解におけるLLMの能力を評価するための新しい標準を確立している。 大規模な言語モデルであるInternLM2-7Bは、ProteinLMDatasetで事前訓練され微調整され、ProteinLMBenchでGPT-4を上回り、高い精度のスコアを得た。 データセットとベンチマークはhttps://huggingface.co/datasets/tsynbio/ProteinLMBenchで公開されている。

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