論文の概要: Improving Entity Recognition Using Ensembles of Deep Learning and Fine-tuned Large Language Models: A Case Study on Adverse Event Extraction from Multiple Sources

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2406.18049v1
• Date: Wed, 26 Jun 2024 03:56:21 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-06-27 14:48:10.397591
• Title: Improving Entity Recognition Using Ensembles of Deep Learning and Fine-tuned Large Language Models: A Case Study on Adverse Event Extraction from Multiple Sources
• Title（参考訳）: 深層学習と微調整大言語モデルを用いたエンティティ認識の改良:複数音源からの逆イベント抽出を事例として
• Authors: Yiming Li, Deepthi Viswaroopan, William He, Jianfu Li, Xu Zuo, Hua Xu, Cui Tao,
• Abstract要約: 副作用イベント(AE)抽出は、免疫の安全プロファイルを監視し解析するために重要である。 本研究では,AE抽出における大規模言語モデル(LLM)と従来のディープラーニングモデルの有効性を評価することを目的とする。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 13.750202656564907
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Adverse event (AE) extraction following COVID-19 vaccines from text data is crucial for monitoring and analyzing the safety profiles of immunizations. Traditional deep learning models are adept at learning intricate feature representations and dependencies in sequential data, but often require extensive labeled data. In contrast, large language models (LLMs) excel in understanding contextual information, but exhibit unstable performance on named entity recognition tasks, possibly due to their broad but unspecific training. This study aims to evaluate the effectiveness of LLMs and traditional deep learning models in AE extraction, and to assess the impact of ensembling these models on performance. In this study, we utilized reports and posts from the VAERS (n=621), Twitter (n=9,133), and Reddit (n=131) as our corpora. Our goal was to extract three types of entities: "vaccine", "shot", and "ae". We explored and fine-tuned (except GPT-4) multiple LLMs, including GPT-2, GPT-3.5, GPT-4, and Llama-2, as well as traditional deep learning models like RNN and BioBERT. To enhance performance, we created ensembles of the three models with the best performance. For evaluation, we used strict and relaxed F1 scores to evaluate the performance for each entity type, and micro-average F1 was used to assess the overall performance. The ensemble model achieved the highest performance in "vaccine", "shot", and "ae" with strict F1-scores of 0.878, 0.930, and 0.925, respectively, along with a micro-average score of 0.903. In conclusion, this study demonstrates the effectiveness and robustness of ensembling fine-tuned traditional deep learning models and LLMs, for extracting AE-related information. This study contributes to the advancement of biomedical natural language processing, providing valuable insights into improving AE extraction from text data for pharmacovigilance and public health surveillance.
• Abstract（参考訳）: テキストデータからのCOVID-19ワクチンによる逆イベント(AE)抽出は、免疫の安全プロファイルを監視し分析するために重要である。 従来のディープラーニングモデルは、複雑な特徴表現とシーケンシャルデータへの依存性を学習するのに適しているが、ラベル付きデータを必要とすることが多い。 対照的に、大きな言語モデル(LLM)は文脈情報の理解に優れるが、名前付きエンティティ認識タスクでは不安定な性能を示す。 本研究では,AE抽出におけるLLMと従来のディープラーニングモデルの有効性を評価し,これらのモデルが性能に与える影響を評価することを目的とする。 本研究では,VAERS (n=621), Twitter (n=9,133), Reddit (n=131) からの報告と投稿をコーパスとして利用した。 私たちの目標は、"vaccine"、"shot"、"ae"の3種類のエンティティを抽出することでした。 我々は, GPT-2, GPT-3.5, GPT-4, Llama-2, RNN や BioBERT などの従来のディープラーニングモデルを含む複数の LLM を探索・微調整した。 性能を向上させるため、3つのモデルのアンサンブルを最高の性能で生成した。 評価には,厳密かつ緩やかなF1スコアを用いて各エンティティタイプの性能評価を行い,マイクロ平均F1を用いて全体の性能評価を行った。 アンサンブルモデルは、それぞれ0.878、0.930、0.925の厳格なF1スコアと0.903のマイクロスコアで最高性能を達成した。 本研究は,AE関連情報を抽出するための,微調整された従来の深層学習モデルとLLMの有効性とロバスト性を示すものである。 本研究は, バイオメディカル自然言語処理の進歩に寄与し, 薬物移動および公衆衛生監視のためのテキストデータからAE抽出を改善するための貴重な知見を提供する。

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