論文の概要: BioMNER: A Dataset for Biomedical Method Entity Recognition
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2406.20038v1
- Date: Fri, 28 Jun 2024 16:34:24 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-07-01 16:20:56.570925
- Title: BioMNER: A Dataset for Biomedical Method Entity Recognition
- Title（参考訳）: BioMNER: バイオメディカルメソッドエンティティ認識のためのデータセット
- Authors: Chen Tang, Bohao Yang, Kun Zhao, Bo Lv, Chenghao Xiao, Frank Guerin, Chenghua Lin,
- Abstract要約: 本稿では,生物医学的手法による実体認識のための新しいデータセットを提案する。
我々は、人間のアノテーションを支援するために、自動的なBioMethodエンティティ認識と情報検索システムを採用している。
実験の結果,言語モデルのパラメータ数が大きくなると,実体抽出パターンの有効同化が著しく阻害されることが判明した。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 25.403593761614424
- License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
- Abstract: Named entity recognition (NER) stands as a fundamental and pivotal task within the realm of Natural Language Processing. Particularly within the domain of Biomedical Method NER, this task presents notable challenges, stemming from the continual influx of domain-specific terminologies in scholarly literature. Current research in Biomedical Method (BioMethod) NER suffers from a scarcity of resources, primarily attributed to the intricate nature of methodological concepts, which necessitate a profound understanding for precise delineation. In this study, we propose a novel dataset for biomedical method entity recognition, employing an automated BioMethod entity recognition and information retrieval system to assist human annotation. Furthermore, we comprehensively explore a range of conventional and contemporary open-domain NER methodologies, including the utilization of cutting-edge large-scale language models (LLMs) customised to our dataset. Our empirical findings reveal that the large parameter counts of language models surprisingly inhibit the effective assimilation of entity extraction patterns pertaining to biomedical methods. Remarkably, the approach, leveraging the modestly sized ALBERT model (only 11MB), in conjunction with conditional random fields (CRF), achieves state-of-the-art (SOTA) performance.
- Abstract（参考訳）: 名前付きエンティティ認識(NER)は自然言語処理の領域における基本的かつ重要なタスクである。
特にバイオメディカルメソッド NER の領域では、学術文献におけるドメイン固有の用語の継続的な流入に起因して、顕著な課題が提示される。
バイオメディカル・メソッド (BioMethod) NERの現在の研究は資源不足に悩まされており、主に方法論的概念の複雑な性質に起因している。
本研究では,人間のアノテーションを支援するために,自動バイオメソッドエンティティ認識と情報検索システムを用いたバイオメディカルメソッドエンティティ認識のための新しいデータセットを提案する。
さらに,我々のデータセットにカスタマイズされた最先端の大規模言語モデル(LLM)の利用を含む,従来型および現代型のオープンドメインNER方法論を包括的に検討した。
実験の結果,言語モデルのパラメータ数が大きくなると,生物医学的手法による実体抽出パターンの有効同化が著しく阻害されることが判明した。
注目すべきは、ALBERTモデル(たった11MB)を条件付きランダムフィールド(CRF)と組み合わせることで、最先端(SOTA)の性能を実現することである。
関連論文リスト
- EMBRE: Entity-aware Masking for Biomedical Relation Extraction [12.821610050561256]
本稿では,関係抽出のためのEMBRE (Entity-Aware Masking for Biomedical Relation extract) 法を提案する。
具体的には、バックボーンモデルとエンティティマスキングの目的を事前学習することにより、エンティティ知識をディープニューラルネットワークに統合する。
論文 参考訳（メタデータ） (2024-01-15T18:12:01Z) - Multi-level biomedical NER through multi-granularity embeddings and
enhanced labeling [3.8599767910528917]
本稿では,複数のモデルの強みを統合するハイブリッドアプローチを提案する。
BERTは、文脈化された単語の埋め込み、文字レベルの情報キャプチャのための事前訓練されたマルチチャネルCNN、およびテキスト内の単語間の依存関係のシーケンスラベリングとモデル化のためのBiLSTM + CRFを提供する。
我々は、ベンチマークi2b2/2010データセットを用いて、F1スコア90.11を達成する。
論文 参考訳（メタデータ） (2023-12-24T21:45:36Z) - Diversifying Knowledge Enhancement of Biomedical Language Models using
Adapter Modules and Knowledge Graphs [54.223394825528665]
我々は、軽量なアダプターモジュールを用いて、構造化された生体医学的知識を事前訓練された言語モデルに注入するアプローチを開発した。
バイオメディカル知識システムUMLSと新しいバイオケミカルOntoChemの2つの大きなKGと、PubMedBERTとBioLinkBERTの2つの著名なバイオメディカルPLMを使用している。
計算能力の要件を低く保ちながら,本手法がいくつかの事例において性能改善につながることを示す。
論文 参考訳（メタデータ） (2023-12-21T14:26:57Z) - BiomedGPT: A Generalist Vision-Language Foundation Model for Diverse Biomedical Tasks [68.39821375903591]
汎用AIは、さまざまなデータ型を解釈する汎用性のために、制限に対処する可能性を秘めている。
本稿では,最初のオープンソースかつ軽量な視覚言語基盤モデルであるBiomedGPTを提案する。
論文 参考訳（メタデータ） (2023-05-26T17:14:43Z) - AIONER: All-in-one scheme-based biomedical named entity recognition
using deep learning [7.427654811697884]
AIONERは最先端のディープラーニングとAIOスキーマに基づく汎用BioNERツールである。
AIONERは効果的で堅牢で、マルチタスク学習のような最先端のアプローチと好適に比較できる。
論文 参考訳（メタデータ） (2022-11-30T12:35:00Z) - EBOCA: Evidences for BiOmedical Concepts Association Ontology [55.41644538483948]
本論文は,生物医学領域の概念とそれらの関連性を記述するオントロジーであるEBOCAと,それらの関連性を支持するエビデンスを提案する。
DISNETのサブセットから得られるテストデータとテキストからの自動アソシエーション抽出が変換され、実際のシナリオで使用できる知識グラフが作成されるようになった。
論文 参考訳（メタデータ） (2022-08-01T18:47:03Z) - BioADAPT-MRC: Adversarial Learning-based Domain Adaptation Improves
Biomedical Machine Reading Comprehension Task [4.837365865245979]
本稿では,生物医学機械読解作業のための逆学習に基づくドメイン適応フレームワークを提案する。
BioADAPT-MRCは、一般的なドメインデータセットとバイオメディカルドメインデータセットの間の限界分布の相違に対処するニューラルネットワークベースの手法である。
論文 参考訳（メタデータ） (2022-02-26T16:14:27Z) - Discovering Drug-Target Interaction Knowledge from Biomedical Literature [107.98712673387031]
人体における薬物と標的(DTI)の相互作用は、生物医学や応用において重要な役割を担っている。
毎年何百万もの論文がバイオメディカル分野で出回っているので、文学からDTIの知識を自動的に発見することは、業界にとって急激な需要となっている。
生成的アプローチを用いて,この課題に対する最初のエンドツーエンドソリューションについて検討する。
我々はDTI三重項をシーケンスとみなし、Transformerベースのモデルを使ってエンティティや関係の詳細なアノテーションを使わずに直接生成する。
論文 参考訳（メタデータ） (2021-09-27T17:00:14Z) - BioALBERT: A Simple and Effective Pre-trained Language Model for
Biomedical Named Entity Recognition [9.05154470433578]
既存のBioNERアプローチはこれらの問題を無視し、最先端(SOTA)モデルを直接採用することが多い。
本稿では,大規模バイオメディカルコーパスを用いた効果的なドメイン固有言語モデルであるALBERTを提案する。
論文 参考訳（メタデータ） (2020-09-19T12:58:47Z) - Machine Learning in Nano-Scale Biomedical Engineering [77.75587007080894]
ナノスケールバイオメディカルエンジニアリングにおける機械学習の利用に関する既存の研究について概説する。
ML問題として定式化できる主な課題は、3つの主要なカテゴリに分類される。
提示された方法論のそれぞれについて、その原則、応用、制限に特に重点を置いている。
論文 参考訳（メタデータ） (2020-08-05T15:45:54Z) - Domain-Specific Language Model Pretraining for Biomedical Natural
Language Processing [73.37262264915739]
バイオメディシンなどのラベルなしテキストの少ないドメインでは、スクラッチから言語モデルを事前学習することで、かなりの利益が得られることを示す。
実験の結果, ドメイン固有のプレトレーニングは, 幅広い生物医学的NLPタスクの基盤となることが明らかとなった。
論文 参考訳（メタデータ） (2020-07-31T00:04:15Z)
関連論文リストは本サイト内にある論文のタイトル・アブストラクトから自動的に作成しています。
指定された論文の情報です。
本サイトの運営者は本サイト（すべての情報・翻訳含む）の品質を保証せず、本サイト（すべての情報・翻訳含む）を使用して発生したあらゆる結果について一切の責任を負いません。