論文の概要: High-Throughput Phenotyping using Computer Vision and Machine Learning
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2407.06354v1
- Date: Mon, 8 Jul 2024 19:46:31 GMT
- ステータス: 処理完了
- システム内更新日: 2024-07-10 20:04:29.804885
- Title: High-Throughput Phenotyping using Computer Vision and Machine Learning
- Title（参考訳）: コンピュータビジョンと機械学習を用いた高速フェノタイピング
- Authors: Vivaan Singhvi, Langalibalele Lunga, Pragya Nidhi, Chris Keum, Varrun Prakash,
- Abstract要約: 我々はオークリッジ国立研究所が提供した1,672枚のPopulus Trichocarpaの画像と白ラベルで治療を行った。
光文字認識(OCR)は、植物上でこれらのラベルを読むために用いられた。
機械学習モデルを用いて,これらの分類に基づいて処理を予測し,解析されたEXIFタグを用いて葉の大きさと表現型間の相関を見いだした。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: High-throughput phenotyping refers to the non-destructive and efficient evaluation of plant phenotypes. In recent years, it has been coupled with machine learning in order to improve the process of phenotyping plants by increasing efficiency in handling large datasets and developing methods for the extraction of specific traits. Previous studies have developed methods to advance these challenges through the application of deep neural networks in tandem with automated cameras; however, the datasets being studied often excluded physical labels. In this study, we used a dataset provided by Oak Ridge National Laboratory with 1,672 images of Populus Trichocarpa with white labels displaying treatment (control or drought), block, row, position, and genotype. Optical character recognition (OCR) was used to read these labels on the plants, image segmentation techniques in conjunction with machine learning algorithms were used for morphological classifications, machine learning models were used to predict treatment based on those classifications, and analyzed encoded EXIF tags were used for the purpose of finding leaf size and correlations between phenotypes. We found that our OCR model had an accuracy of 94.31% for non-null text extractions, allowing for the information to be accurately placed in a spreadsheet. Our classification models identified leaf shape, color, and level of brown splotches with an average accuracy of 62.82%, and plant treatment with an accuracy of 60.08%. Finally, we identified a few crucial pieces of information absent from the EXIF tags that prevented the assessment of the leaf size. There was also missing information that prevented the assessment of correlations between phenotypes and conditions. However, future studies could improve upon this to allow for the assessment of these features.
- Abstract（参考訳）: 高スループット表現型は、植物表現型の非破壊的で効率的な評価である。
近年、大規模データセットの処理効率を高め、特定の形質を抽出する手法を開発することで、植物を表現型化するプロセスを改善するために機械学習と結合されている。
従来の研究では、ディープニューラルネットワークを自動カメラでタンデムに応用することで、これらの課題を前進させる方法が開発されてきたが、研究されているデータセットはしばしば物理的なラベルを除外している。
本研究では,オークリッジ国立研究所が提供した1,672枚のPopulus Trichocarpaの画像と,処理(制御や干ばつ),ブロック,行,位置,遺伝子型を示す白いラベルを用いたデータセットを用いた。
光文字認識(OCR)は植物上でこれらのラベルを読み取るのに用いられ、機械学習アルゴリズムと併用した画像分割技術は形態分類に使われ、機械学習モデルはそれらの分類に基づいて治療を予測するために用いられ、解析されたEXIFタグは葉の大きさと表現型間の相関を見出すために使用された。
我々のOCRモデルは、非ヌルテキスト抽出に対して94.31%の精度を持ち、情報をスプレッドシートに正確に配置できることがわかった。
分類モデルでは, 葉の形状, 色, 褐色の斑点が62.82%, 植物処理が60.08%であった。
最後に,葉の大きさを評価するのを妨げたEXIFタグから欠落したいくつかの重要な情報を同定した。
表現型と条件の相関性の評価を阻害する情報も欠落していた。
しかし、今後の研究はこれらの特徴を評価するために改善される可能性がある。
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