論文の概要: Daisy: An integrated repeat protein curation service

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2407.07817v1
• Date: Wed, 10 Jul 2024 16:41:19 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-07-11 15:53:02.110210
• Title: Daisy: An integrated repeat protein curation service
• Title（参考訳）: Daisy:リピートタンパク質キュレーションの統合サービス
• Authors: Manuel Bezerra-Brandao, Ronaldo Romario Tunque Cahui, Layla Hirsh,
• Abstract要約: Daisyは、リピートタンパク質キュレーションウェブサービスである。 protein Data Bank(PDB)とAlphaFold Databaseエントリを処理して,タンデムの識別を繰り返すことができる。 繰り返し分類は、RepeatsDBを通じて特定された家族に関連付けられている。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
• License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
• Abstract: Tandem repeats in proteins identification, classification and curation is a complex process that requires manual processing from experts, processing power and time. There are recent and relevant advances applying machine learning for protein structure prediction and repeat classification that are useful for this process. However, no service contemplates required databases and software to supplement researching on repeat proteins. In this publication we present Daisy, an integrated repeat protein curation web service. This service can process Protein Data Bank (PDB) and the AlphaFold Database entries for tandem repeats identification. In addition, it uses an algorithm to search a sequence against a library of Pfam hidden Markov model (HMM). Repeat classifications are associated with the identified families through RepeatsDB. This prediction is considered for enhancing the ReUPred algorithm execution and hastening the repeat units identification process. The service can also operate every associated PDB and AlphaFold structure with a UniProt proteome registry. Availability: The Daisy web service is freely accessible at daisy.bioinformatica.org.
• Abstract（参考訳）: タンデムのタンパク質の同定、分類、キュレーションは、専門家による手作業による処理、処理能力、時間を必要とする複雑なプロセスである。 近年,このプロセスに有用なタンパク質構造予測と繰り返し分類に機械学習を適用する技術が進歩している。 しかし、リピートタンパク質の研究を補うためにデータベースやソフトウェアを必要としたサービスはない。 本発表では、ダイジー(Daisy)という、リピートタンパク質キュレーションWebサービスについて紹介する。 このサービスは、タンパク質データバンク(PDB)とAlphaFold Databaseエントリを処理して、タンデムの識別を繰り返すことができる。 さらに、アルゴリズムを用いて、Pfam hidden Markov model (HMM) のライブラリに対してシーケンスを検索する。 繰り返し分類は、RepeatsDBを通じて特定された家族に関連付けられている。 この予測は、ReUPredアルゴリズムの実行を強化し、繰り返しユニットの識別プロセスを早めるためと考えられる。 このサービスは、関連するPDBとAlphaFoldの構造をすべてUniProtプロテオームレジストリで操作することも可能だ。 可用性: Daisy Webサービスは Daisy.bioinformatica.org で自由にアクセスできる。

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