論文の概要: SPOCKMIP: Segmentation of Vessels in MRAs with Enhanced Continuity using Maximum Intensity Projection as Loss

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2407.08655v1
• Date: Thu, 11 Jul 2024 16:39:24 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-07-12 16:30:47.773984
• Title: SPOCKMIP: Segmentation of Vessels in MRAs with Enhanced Continuity using Maximum Intensity Projection as Loss
• Title（参考訳）: SPOCKMIP:最大強度投影を損失として連続性を高めるMRA内の容器の分割
• Authors: Chethan Radhakrishna, Karthikesh Varma Chintalapati, Sri Chandana Hudukula Ram Kumar, Raviteja Sutrave, Hendrik Mattern, Oliver Speck, Andreas Nürnberger, Soumick Chatterjee,
• Abstract要約: 本研究は,MIP(Maximum Intensity Projection)を付加的な損失基準として用いたセグメンテーション品質の向上に焦点をあてる。 ラベルセグメンテーションのMIPを1つの(z軸)と3次元体積の複数の知覚可能な軸に組み込むことで2つの手法を提案する。 提案手法は血管の連続性を改善したセグメンテーションを生成し,ROIの視覚的検査で明らかである。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.5224038339798621
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Identification of vessel structures of different sizes in biomedical images is crucial in the diagnosis of many neurodegenerative diseases. However, the sparsity of good-quality annotations of such images makes the task of vessel segmentation challenging. Deep learning offers an efficient way to segment vessels of different sizes by learning their high-level feature representations and the spatial continuity of such features across dimensions. Semi-supervised patch-based approaches have been effective in identifying small vessels of one to two voxels in diameter. This study focuses on improving the segmentation quality by considering the spatial correlation of the features using the Maximum Intensity Projection~(MIP) as an additional loss criterion. Two methods are proposed with the incorporation of MIPs of label segmentation on the single~(z-axis) and multiple perceivable axes of the 3D volume. The proposed MIP-based methods produce segmentations with improved vessel continuity, which is evident in visual examinations of ROIs. Patch-based training is improved by introducing an additional loss term, MIP loss, to penalise the predicted discontinuity of vessels. A training set of 14 volumes is selected from the StudyForrest dataset comprising of 18 7-Tesla 3D Time-of-Flight~(ToF) Magnetic Resonance Angiography (MRA) images. The generalisation performance of the method is evaluated using the other unseen volumes in the dataset. It is observed that the proposed method with multi-axes MIP loss produces better quality segmentations with a median Dice of $80.245 \pm 0.129$. Also, the method with single-axis MIP loss produces segmentations with a median Dice of $79.749 \pm 0.109$. Furthermore, a visual comparison of the ROIs in the predicted segmentation reveals a significant improvement in the continuity of the vessels when MIP loss is incorporated into training.
• Abstract（参考訳）: 生体画像における異なる大きさの血管構造の同定は多くの神経変性疾患の診断において重要である。 しかし、そのような画像の良質なアノテーションの空間性は、容器のセグメンテーションを困難にしている。 ディープラーニングは、その高レベルな特徴表現と、そのような特徴の次元にわたる空間的連続性を学ぶことによって、異なるサイズの容器を分割する効率的な方法を提供する。 半教師付きパッチベースのアプローチは、直径1対2のボクセルの小さな容器を特定するのに有効である。 本研究は,最大強度投影〜(MIP)を付加損失基準として,特徴量の空間的相関を考慮したセグメンテーション品質の向上に焦点を当てた。 ラベルセグメンテーションのMIPを1〜(z軸)と3次元体積の複数の知覚可能な軸に組み込むことで2つの手法を提案する。 提案手法は血管の連続性を改善したセグメンテーションを生成し,ROIの視覚的検査で明らかである。 MIP損失という追加の損失項を導入して、予測された船体の不連続性を罰するパッチベースのトレーニングを改善する。 磁気共鳴血管造影(MRA)画像からなるStudioForrestデータセットから、14巻のトレーニングセットを選択する。 本手法の一般化性能は,データセット内の他の未確認ボリュームを用いて評価する。 提案手法は,MIP損失が80.245 \pm 0.129$のDiceで,より高品質なセグメンテーションを実現する。 また、単軸MIP損失の手法は、中央値のDiceが79.749 \pm 0.109$のセグメンテーションを生成する。 さらに, 予測セグメンテーションにおけるROIの視覚的比較により, MIP損失をトレーニングに取り入れた場合, 血管の連続性が大きく改善したことが明らかとなった。

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