論文の概要: SpaRED benchmark: Enhancing Gene Expression Prediction from Histology Images with Spatial Transcriptomics Completion

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2407.13027v2
• Date: Fri, 27 Sep 2024 17:29:43 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-11-08 20:25:29.543833
• Title: SpaRED benchmark: Enhancing Gene Expression Prediction from Histology Images with Spatial Transcriptomics Completion
• Title（参考訳）: SpaREDベンチマーク:空間的トランスクリプトミクスの完成による組織像からの遺伝子発現予測の強化
• Authors: Gabriel Mejia, Daniela Ruiz, Paula Cárdenas, Leonardo Manrique, Daniela Vega, Pablo Arbeláez,
• Abstract要約: 我々は,26の公開資料から収集した体系的にキュレートされ,処理されたデータベースについて述べる。 また、欠落した遺伝子発現を推測する技術として、最先端のトランスフォーマーベースの補完手法を提案する。 我々の貢献は、これまででもっとも包括的な組織像からの遺伝子発現予測のベンチマークとなっている。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 2.032350440475489
• License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
• Abstract: Spatial Transcriptomics is a novel technology that aligns histology images with spatially resolved gene expression profiles. Although groundbreaking, it struggles with gene capture yielding high corruption in acquired data. Given potential applications, recent efforts have focused on predicting transcriptomic profiles solely from histology images. However, differences in databases, preprocessing techniques, and training hyperparameters hinder a fair comparison between methods. To address these challenges, we present a systematically curated and processed database collected from 26 public sources, representing an 8.6-fold increase compared to previous works. Additionally, we propose a state-of-the-art transformer based completion technique for inferring missing gene expression, which significantly boosts the performance of transcriptomic profile predictions across all datasets. Altogether, our contributions constitute the most comprehensive benchmark of gene expression prediction from histology images to date and a stepping stone for future research on spatial transcriptomics.
• Abstract（参考訳）: 空間トランスクリプトミクス(Spatial Transcriptomics)は、組織像と空間的に解決された遺伝子発現プロファイルを整合させる新しい技術である。 画期的ではあるが、取得したデータに高い腐敗をもたらす遺伝子捕獲に苦慮している。 潜在的な応用を考えると、最近の研究は、組織像からのみトランスクリプトームプロファイルを予測することに重点を置いている。 しかし、データベース、前処理技術、トレーニングハイパーパラメータの違いは、メソッド間の公正な比較を妨げている。 これらの課題に対処するために,26の公開資料から収集した体系的キュレートおよび処理されたデータベースを提案する。 さらに、欠落した遺伝子発現を推定するための最先端のトランスフォーマーベースの補完手法を提案し、全てのデータセットにおける転写プロファイル予測の性能を大幅に向上させる。 我々の貢献は、現在までの組織像からの遺伝子発現予測の最も包括的なベンチマークであり、空間転写学の今後の研究の足掛かりとなっている。

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