論文の概要: Leveraging Latent Evolutionary Optimization for Targeted Molecule Generation

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2407.13779v1
• Date: Tue, 2 Jul 2024 13:42:21 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-07-28 18:48:53.826627
• Title: Leveraging Latent Evolutionary Optimization for Targeted Molecule Generation
• Title（参考訳）: 標的分子生成のための遅延進化最適化の活用
• Authors: Siddartha Reddy N, Sai Prakash MV, Varun V, Vishal Vaddina, Saisubramaniam Gopalakrishnan,
• Abstract要約: 分子生成(LEOMol)における遅延進化最適化という革新的なアプローチを提案する。 LEOMolは最適化分子の効率的な生成のための生成モデリングフレームワークである。 提案手法は,従来の最先端モデルよりも優れた性能を示す。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.0
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: Lead optimization is a pivotal task in the drug design phase within the drug discovery lifecycle. The primary objective is to refine the lead compound to meet specific molecular properties for progression to the subsequent phase of development. In this work, we present an innovative approach, Latent Evolutionary Optimization for Molecule Generation (LEOMol), a generative modeling framework for the efficient generation of optimized molecules. LEOMol leverages Evolutionary Algorithms, such as Genetic Algorithm and Differential Evolution, to search the latent space of a Variational AutoEncoder (VAE). This search facilitates the identification of the target molecule distribution within the latent space. Our approach consistently demonstrates superior performance compared to previous state-of-the-art models across a range of constrained molecule generation tasks, outperforming existing models in all four sub-tasks related to property targeting. Additionally, we suggest the importance of including toxicity in the evaluation of generative models. Furthermore, an ablation study underscores the improvements that our approach provides over gradient-based latent space optimization methods. This underscores the effectiveness and superiority of LEOMol in addressing the inherent challenges in constrained molecule generation while emphasizing its potential to propel advancements in drug discovery.
• Abstract（参考訳）: 鉛の最適化は、医薬品発見ライフサイクルにおける医薬品設計段階における重要な課題である。 主目的は、次の発達段階に進むための特定の分子特性を満たすために鉛化合物を精製することである。 本稿では,分子の効率的な生成のための生成モデルフレームワークLEOMol(Latent Evolutionary Optimization for Molecule Generation)を提案する。 LEOMolは遺伝的アルゴリズムや微分進化などの進化的アルゴリズムを利用して、変分オートエンコーダ(VAE)の潜伏空間を探索する。 この探索は、潜在空間内の標的分子分布の同定を容易にする。 提案手法は, 従来の最先端モデルと比較して, 制約された分子生成タスクの範囲で優れた性能を示し, プロパティターゲティングに関連する4つのサブタスクすべてにおいて, 既存モデルよりも優れた性能を示す。 また, 生成モデルの評価に毒性を含めることの重要性も示唆した。 さらに、アブレーション研究は、勾配に基づく潜在空間最適化法よりも、我々のアプローチがもたらす改善を裏付けるものである。 このことは、制限された分子生成における固有の課題に対処する上でのLEOMolの有効性と優越性を浮き彫りにしつつ、薬物発見の進歩を促進する可能性を強調している。

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