論文の概要: Pennsieve - A Collaborative Platform for Translational Neuroscience and Beyond

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2409.10509v1
• Date: Mon, 16 Sep 2024 17:55:58 GMT
• ステータス: 処理完了
• システム内更新日: 2024-09-17 14:38:40.441984
• Title: Pennsieve - A Collaborative Platform for Translational Neuroscience and Beyond
• Title（参考訳）: Pennsieve - 翻訳神経科学のための共同プラットフォーム
• Authors: Zack Goldblum, Zhongchuan Xu, Haoer Shi, Patryk Orzechowski, Jamaal Spence, Kathryn A Davis, Brian Litt, Nishant Sinha, Joost Wagenaar,
• Abstract要約: Pennsieveはオープンソースでクラウドベースの科学データ管理プラットフォームである。 複雑なマルチモーダルデータセットをサポートし、データの視覚化と分析のためのツールを提供する。 Pennsieveは125TB以上の科学的データを格納し、350以上のハイインパクトデータセットで35TB以上のデータを公開している。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.5130659559809153
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: The exponential growth of neuroscientific data necessitates platforms that facilitate data management and multidisciplinary collaboration. In this paper, we introduce Pennsieve - an open-source, cloud-based scientific data management platform built to meet these needs. Pennsieve supports complex multimodal datasets and provides tools for data visualization and analyses. It takes a comprehensive approach to data integration, enabling researchers to define custom metadata schemas and utilize advanced tools to filter and query their data. Pennsieve's modular architecture allows external applications to extend its capabilities, and collaborative workspaces with peer-reviewed data publishing mechanisms promote high-quality datasets optimized for downstream analysis, both in the cloud and on-premises. Pennsieve forms the core for major neuroscience research programs including the NIH SPARC Initiative, NIH HEAL Initiative's PRECISION Human Pain Network, and NIH HEAL RE-JOIN Initiative. It serves more than 80 research groups worldwide, along with several large-scale, inter-institutional projects at clinical sites through the University of Pennsylvania. Underpinning the SPARC.Science, Epilepsy.Science, and Pennsieve Discover portals, Pennsieve stores over 125 TB of scientific data, with 35 TB of data publicly available across more than 350 high-impact datasets. It adheres to the findable, accessible, interoperable, and reusable (FAIR) principles of data sharing and is recognized as one of the NIH-approved Data Repositories. By facilitating scientific data management, discovery, and analysis, Pennsieve fosters a robust and collaborative research ecosystem for neuroscience and beyond.
• Abstract（参考訳）: 神経科学データの指数的成長は、データ管理と多分野連携を促進するプラットフォームを必要とする。 本稿では,これらのニーズを満たすために構築された,オープンソースのクラウドベースの科学データ管理プラットフォームであるPennsieveを紹介する。 Pennsieveは複雑なマルチモーダルデータセットをサポートし、データの視覚化と分析のためのツールを提供する。 データ統合には包括的なアプローチを採用しており、研究者はカスタムメタデータスキーマを定義し、高度なツールを使用してデータをフィルタリングしクエリすることができる。 Pennsieveのモジュラーアーキテクチャにより、外部アプリケーションがその機能を拡張することができ、ピアレビューされたデータパブリッシングメカニズムとの協調ワークスペースは、クラウドとオンプレミスの両方で、ダウンストリーム分析に最適化された高品質なデータセットを促進する。 ペンシーブは、NIH SPARC Initiative、NIH HEAL InitiativeのPrecision Human Pain Network、NIH HEAL RE-JOIN Initiativeなどの主要な神経科学研究プログラムの核となる。 世界中の80以上の研究グループと、ペンシルバニア大学を通じて臨床現場で大規模な施設間プロジェクトを行っている。 SPARC.Science、Epilepsy.Science、およびPennsieve Discoverポータルを基盤として、Pennsieveは125TB以上の科学データを格納し、350以上のハイインパクトデータセットで35TB以上のデータを公開している。 データ共有の発見可能で、アクセス可能で、相互運用可能で、再利用可能な(FAIR)原則に準拠しており、NIHが承認したデータリポジトリの1つとして認識されている。 科学データ管理、発見、分析を容易にすることで、ペンシーブは神経科学などのための堅牢で協力的な研究エコシステムを育てている。

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