論文の概要: CPE-Pro: A Structure-Sensitive Deep Learning Method for Protein Representation and Origin Evaluation

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2410.15592v2
• Date: Wed, 23 Oct 2024 14:08:10 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2024-10-24 13:56:39.365803
• Title: CPE-Pro: A Structure-Sensitive Deep Learning Method for Protein Representation and Origin Evaluation
• Title（参考訳）: CPE-Pro:タンパク質表現と起源評価のための構造感性深層学習法
• Authors: Wenrui Gou, Wenhui Ge, Yang Tan, Mingchen Li, Guisheng Fan, Huiqun Yu,
• Abstract要約: タンパク質構造評価用結晶対予測学習モデル(CPE-Pro)を開発した。 CPE-Proはタンパク質の構造情報を学習し、構造間の差異を捉え、4つのデータクラスの正確なトレーサビリティを実現する。 我々は Foldseek を用いてタンパク質構造を「構造配列」にエンコードし、タンパク質構造配列言語モデル SSLM を訓練した。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 7.161099050722313
• License:
• Abstract: Protein structures are important for understanding their functions and interactions. Currently, many protein structure prediction methods are enriching the structure database. Discriminating the origin of structures is crucial for distinguishing between experimentally resolved and computationally predicted structures, evaluating the reliability of prediction methods, and guiding downstream biological studies. Building on works in structure prediction, We developed a structure-sensitive supervised deep learning model, Crystal vs Predicted Evaluator for Protein Structure (CPE-Pro), to represent and discriminate the origin of protein structures. CPE-Pro learns the structural information of proteins and captures inter-structural differences to achieve accurate traceability on four data classes, and is expected to be extended to more. Simultaneously, we utilized Foldseek to encode protein structures into "structure-sequences" and trained a protein Structural Sequence Language Model, SSLM. Preliminary experiments demonstrated that, compared to large-scale protein language models pre-trained on vast amounts of amino acid sequences, the "structure-sequence" enables the language model to learn more informative protein features, enhancing and optimizing structural representations. We have provided the code, model weights, and all related materials on https://github.com/GouWenrui/CPE-Pro-main.git.
• Abstract（参考訳）: タンパク質の構造は、その機能や相互作用を理解するのに重要である。 現在、多くのタンパク質構造予測手法が構造データベースを充実させている。 構造の起源を識別することは、実験的に解決された構造と計算的に予測された構造を区別し、予測手法の信頼性を評価し、下流の生物学的研究を導くために重要である。 本研究では,構造予測における構造依存型深層学習モデルであるCrystal vs Predicted Evaluator for Protein Structure (CPE-Pro)を開発し,タンパク質構造の起源を表現・識別した。 CPE-Proはタンパク質の構造情報を学習し、構造間の差異を捉え、4つのデータクラスで正確なトレーサビリティを実現する。 同時に、Foldseekを用いてタンパク質構造を「構造配列」にエンコードし、タンパク質構造配列言語モデルSSLMを訓練した。 予備実験では、大量のアミノ酸配列で事前訓練された大規模タンパク質言語モデルと比較して、「構造系列」は、言語モデルがより情報的なタンパク質の特徴を学習し、構造表現の強化と最適化を可能にすることを示した。 我々は、コード、モデルウェイト、および関連するすべての資料をhttps://github.com/GouWenrui/CPE-Pro-main.git.comで提供しました。

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