論文の概要: Multi-modal Spatial Clustering for Spatial Transcriptomics Utilizing High-resolution Histology Images

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2411.02534v1
• Date: Thu, 31 Oct 2024 00:32:24 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2024-11-06 14:59:05.492774
• Title: Multi-modal Spatial Clustering for Spatial Transcriptomics Utilizing High-resolution Histology Images
• Title（参考訳）: 高分解能組織像を用いた空間転写学のためのマルチモーダル空間クラスタリング
• Authors: Bingjun Li, Mostafa Karami, Masum Shah Junayed, Sheida Nabavi,
• Abstract要約: 空間転写学(spatial transcriptomics, ST)は、空間的文脈を保ちながら、転写産物全体の遺伝子発現プロファイリングを可能にする。 現在の空間クラスタリング法では、高解像度の組織像と遺伝子発現データを完全に統合することができない。 本稿では、遺伝子発現データと組織像の特徴を融合した、新しいコントラスト学習に基づく深層学習手法を提案する。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 1.3124513975412255
• License:
• Abstract: Understanding the intricate cellular environment within biological tissues is crucial for uncovering insights into complex biological functions. While single-cell RNA sequencing has significantly enhanced our understanding of cellular states, it lacks the spatial context necessary to fully comprehend the cellular environment. Spatial transcriptomics (ST) addresses this limitation by enabling transcriptome-wide gene expression profiling while preserving spatial context. One of the principal challenges in ST data analysis is spatial clustering, which reveals spatial domains based on the spots within a tissue. Modern ST sequencing procedures typically include a high-resolution histology image, which has been shown in previous studies to be closely connected to gene expression profiles. However, current spatial clustering methods often fail to fully integrate high-resolution histology image features with gene expression data, limiting their ability to capture critical spatial and cellular interactions. In this study, we propose the spatial transcriptomics multi-modal clustering (stMMC) model, a novel contrastive learning-based deep learning approach that integrates gene expression data with histology image features through a multi-modal parallel graph autoencoder. We tested stMMC against four state-of-the-art baseline models: Leiden, GraphST, SpaGCN, and stLearn on two public ST datasets with 13 sample slices in total. The experiments demonstrated that stMMC outperforms all the baseline models in terms of ARI and NMI. An ablation study further validated the contributions of contrastive learning and the incorporation of histology image features.
• Abstract（参考訳）: 生体組織内の複雑な細胞環境を理解することは、複雑な生物学的機能に関する洞察を明らかにするのに不可欠である。 単細胞RNAシークエンシングは細胞状態の理解を著しく向上させたが、細胞環境を完全に理解するのに必要な空間的文脈は欠如している。 空間転写学 (Spatial transcriptomics, ST) はこの制限に対処し、空間的コンテキストを保ちながら、全領域にわたる遺伝子発現プロファイリングを可能にする。 STデータ分析における主な課題の1つは空間的クラスタリングであり、組織内のスポットに基づいて空間的領域を明らかにする。 現代のSTシークエンシングの手順は一般的に高解像度の組織像を含むが、これは以前の研究では遺伝子発現プロファイルと密接に関連していることが示されている。 しかし、現在の空間クラスタリング法では、高解像度の組織像と遺伝子発現データを完全に統合することができず、重要な空間的および細胞的相互作用を捉える能力が制限されることが多い。 本研究では,マルチモーダル並列グラフオートエンコーダを用いて,遺伝子発現データと組織像の特徴を統合する,新しいコントラスト学習に基づく深層学習手法である,空間的トランスクリプトミクス・マルチモーダルクラスタリング(stMMC)モデルを提案する。 我々は,現在最先端のベースラインモデルであるLeiden, GraphST, SpaGCN, stLearnの2つのパブリックSTデータセットに対して,合計13個のサンプルスライスでstMMCを試験した。 実験により、stMMC は ARI と NMI の点で全てのベースラインモデルより優れていることが示された。 アブレーション研究は、コントラスト学習の貢献と組織像の特徴の取り込みをさらに検証した。

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