論文の概要: SM3-Text-to-Query: Synthetic Multi-Model Medical Text-to-Query Benchmark

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2411.05521v2
• Date: Thu, 14 Nov 2024 09:28:49 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2024-11-15 11:44:45.648049
• Title: SM3-Text-to-Query: Synthetic Multi-Model Medical Text-to-Query Benchmark
• Title（参考訳）: SM3-Text-to-Query: 合成多モデル医療用テキスト-to-Queryベンチマーク
• Authors: Sithursan Sivasubramaniam, Cedric Osei-Akoto, Yi Zhang, Kurt Stockinger, Jonathan Fuerst,
• Abstract要約: 異なるデータベースモデルは、クエリの複雑さとパフォーマンスに大きな影響を与えます。 SM3-Text-to-Queryは,最初のマルチモデル医療用テキスト-to-Queryベンチマークである。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 4.049028351548513
• License:
• Abstract: Electronic health records (EHRs) are stored in various database systems with different database models on heterogeneous storage architectures, such as relational databases, document stores, or graph databases. These different database models have a big impact on query complexity and performance. While this has been a known fact in database research, its implications for the growing number of Text-to-Query systems have surprisingly not been investigated so far. In this paper, we present SM3-Text-to-Query, the first multi-model medical Text-to-Query benchmark based on synthetic patient data from Synthea, following the SNOMED-CT taxonomy -- a widely used knowledge graph ontology covering medical terminology. SM3-Text-to-Query provides data representations for relational databases (PostgreSQL), document stores (MongoDB), and graph databases (Neo4j and GraphDB (RDF)), allowing the evaluation across four popular query languages, namely SQL, MQL, Cypher, and SPARQL. We systematically and manually develop 408 template questions, which we augment to construct a benchmark of 10K diverse natural language question/query pairs for these four query languages (40K pairs overall). On our dataset, we evaluate several common in-context-learning (ICL) approaches for a set of representative closed and open-source LLMs. Our evaluation sheds light on the trade-offs between database models and query languages for different ICL strategies and LLMs. Last, SM3-Text-to-Query is easily extendable to additional query languages or real, standard-based patient databases.
• Abstract（参考訳）: 電子健康記録(EHR)は、リレーショナルデータベース、ドキュメントストア、グラフデータベースなどの異種ストレージアーキテクチャ上で異なるデータベースモデルを持つ様々なデータベースシステムに格納される。 これらの異なるデータベースモデルは、クエリの複雑さとパフォーマンスに大きな影響を与えます。 これはデータベース研究において知られている事実であるが、テキスト・ツー・クエリ・システムの増加に対する影響は驚くほど調査されていない。 本稿では,SM3-Text-to-Queryについて述べる。SM3-Text-to-Queryは,SNOMED-CT分類法に従って,Syntheaから合成された患者データに基づく,最初のマルチモデル医療用テキスト-to-Queryベンチマークである。 SM3-Text-to-Queryはリレーショナルデータベース(PostgreSQL)、ドキュメントストア(MongoDB)、グラフデータベース(Neo4jとGraphDB(RDF))のデータ表現を提供する。 我々は,408のテンプレート質問を体系的に手作業で開発し,これら4つのクエリ言語(全体として40Kペア)に対して,10Kの多様な自然言語質問/クエリペアのベンチマークを構築した。 提案するデータセットでは,複数の共通コンテキスト内学習(ICL)アプローチを,一組のオープンソースLCMに対して評価する。 我々の評価は、異なるICL戦略とLLMのためのデータベースモデルとクエリ言語間のトレードオフに光を当てている。 最後に、SM3-Text-to-Queryは、追加のクエリ言語や、実際の標準ベースの患者データベースに容易に拡張できる。

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