論文の概要: Arctique: An artificial histopathological dataset unifying realism and controllability for uncertainty quantification
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2411.07097v1
- Date: Mon, 11 Nov 2024 16:19:55 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2024-11-12 14:09:03.018170
- Title: Arctique: An artificial histopathological dataset unifying realism and controllability for uncertainty quantification
- Title(参考訳): Arctique:不確実性定量のための現実性と制御性を統一する人工組織学的データセット
- Authors: Jannik Franzen, Claudia Winklmayr, Vanessa E. Guarino, Christoph Karg, Xiaoyan Yu, Nora Koreuber, Jan P. Albrecht, Philip Bischoff, Dagmar Kainmueller,
- Abstract要約: 不確実性定量化(UQ)は、信頼性の高い画像セグメンテーションに不可欠である。
現在のUQメソッドは、過度に単純化されたおもちゃのデータセットや、真の不確実性を識別できない複雑な現実世界のデータセットでテストされる。
Arctiqueは、複雑なマルチオブジェクト環境でのUQテクニックのベンチマークと進歩のための重要なリソースとして機能する。
- 参考スコア(独自算出の注目度): 2.470131708818361
- License:
- Abstract: Uncertainty Quantification (UQ) is crucial for reliable image segmentation. Yet, while the field sees continual development of novel methods, a lack of agreed-upon benchmarks limits their systematic comparison and evaluation: Current UQ methods are typically tested either on overly simplistic toy datasets or on complex real-world datasets that do not allow to discern true uncertainty. To unify both controllability and complexity, we introduce Arctique, a procedurally generated dataset modeled after histopathological colon images. We chose histopathological images for two reasons: 1) their complexity in terms of intricate object structures and highly variable appearance, which yields challenging segmentation problems, and 2) their broad prevalence for medical diagnosis and respective relevance of high-quality UQ. To generate Arctique, we established a Blender-based framework for 3D scene creation with intrinsic noise manipulation. Arctique contains 50,000 rendered images with precise masks as well as noisy label simulations. We show that by independently controlling the uncertainty in both images and labels, we can effectively study the performance of several commonly used UQ methods. Hence, Arctique serves as a critical resource for benchmarking and advancing UQ techniques and other methodologies in complex, multi-object environments, bridging the gap between realism and controllability. All code is publicly available, allowing re-creation and controlled manipulations of our shipped images as well as creation and rendering of new scenes.
- Abstract(参考訳): 不確実性定量化(UQ)は、信頼性の高い画像セグメンテーションに不可欠である。
しかし、この分野は新しい手法の継続的な開発を目にする一方で、合意されたベンチマークの欠如は、その体系的な比較と評価を制限している: 現在のUQメソッドは、通常、過度に単純化されたおもちゃのデータセットや、真の不確実性を識別できない複雑な現実世界のデータセットでテストされる。
制御性と複雑性の両面を統一するために,病理組織学的大腸像をモデルとした手続き的に生成されたデータセットであるArctiqueを導入する。
我々は2つの理由から病理像を選択した。
1)複雑な対象構造と高度に変動した外観の複雑さは、難解なセグメンテーション問題を生じさせ、
2) 医療診断における有病率と高品質UQとの関連性について検討した。
Arctiqueを生成するために,本質的なノイズ操作によるBlenderベースの3Dシーン生成フレームワークを構築した。
Arctiqueには、5万枚のレンダリング画像と正確なマスク、ノイズの多いラベルシミュレーションが含まれている。
画像とラベルの両方の不確かさを独立に制御することにより、よく使われるUQ手法の性能を効果的に研究できることが示される。
したがって、Arctiqueは、複雑な多目的環境におけるUQ技術やその他の方法論のベンチマークと進歩のための重要なリソースとして機能し、現実主義と可制御性のギャップを埋める。
すべてのコードが公開されており、出荷されたイメージの再作成と操作、新しいシーンの作成とレンダリングが可能です。
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