論文の概要: A Review on the Applications of Transformer-based language models for Nucleotide Sequence Analysis

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2412.07201v1
• Date: Tue, 10 Dec 2024 05:33:09 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2024-12-11 14:39:17.448547
• Title: A Review on the Applications of Transformer-based language models for Nucleotide Sequence Analysis
• Title（参考訳）: 変圧器を用いたヌクレオチド配列解析への言語モデルの適用に関する一検討
• Authors: Nimisha Ghosh, Daniele Santoni, Indrajit Saha, Giovanni Felici,
• Abstract要約: 本稿では, ヌクレオチド配列の文脈における近年のトランスフォーマーモデルの発展について紹介する。 このレビューは、トランスフォーマーベースの言語モデルからヌクレオチド配列への様々な応用を理解する上で、科学コミュニティの助けになると考えています。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 0.8049701904919515
• License:
• Abstract: In recent times, Transformer-based language models are making quite an impact in the field of natural language processing. As relevant parallels can be drawn between biological sequences and natural languages, the models used in NLP can be easily extended and adapted for various applications in bioinformatics. In this regard, this paper introduces the major developments of Transformer-based models in the recent past in the context of nucleotide sequences. We have reviewed and analysed a large number of application-based papers on this subject, giving evidence of the main characterizing features and to different approaches that may be adopted to customize such powerful computational machines. We have also provided a structured description of the functioning of Transformers, that may enable even first time users to grab the essence of such complex architectures. We believe this review will help the scientific community in understanding the various applications of Transformer-based language models to nucleotide sequences. This work will motivate the readers to build on these methodologies to tackle also various other problems in the field of bioinformatics.
• Abstract（参考訳）: 近年、トランスフォーマーベースの言語モデルは自然言語処理の分野に大きな影響を与えている。 生物学的配列と自然言語を関連付けることができるため、NLPで使用されるモデルは容易に拡張され、バイオインフォマティクスの様々な応用に適応することができる。 本稿では,近年のトランスフォーマーモデルの主要な展開について,ヌクレオチド配列の文脈で紹介する。 本稿では,アプリケーションベースの論文を多数レビュー,分析し,このような強力なコンピュータをカスタマイズするために採用される可能性のある主要な特徴と異なるアプローチの証拠を提示する。 また,トランスフォーマーの機能に関する構造的な記述も提供しています。 このレビューは、トランスフォーマーベースの言語モデルからヌクレオチド配列への様々な応用を理解する上で、科学コミュニティの助けになると考えています。 この研究は, バイオインフォマティクスの分野における他の様々な問題にも対処するために, 読者がこれらの方法論を構築する動機となる。

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