論文の概要: DiffER: Categorical Diffusion for Chemical Retrosynthesis
- arxiv url: http://arxiv.org/abs/2505.23721v1
- Date: Thu, 29 May 2025 17:53:37 GMT
- ステータス: 翻訳完了
- システム内更新日: 2025-05-30 18:14:08.05737
- Title: DiffER: Categorical Diffusion for Chemical Retrosynthesis
- Title（参考訳）: DiffER: 化学再合成のためのカテゴリー拡散
- Authors: Sean Current, Ziqi Chen, Daniel Adu-Ampratwum, Xia Ning, Srinivasan Parthasarathy,
- Abstract要約: DiffERは、カテゴリー拡散の形での逆合成予測のための代替的なテンプレートフリーな手法である。
本研究では,トップ1の精度とトップ3,トップ5,トップ10の精度の競争性能を実現する拡散モデルのアンサンブルを構築する。
- 参考スコア（独自算出の注目度）: 4.8757706070066265
- License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- Abstract: Methods for automatic chemical retrosynthesis have found recent success through the application of models traditionally built for natural language processing, primarily through transformer neural networks. These models have demonstrated significant ability to translate between the SMILES encodings of chemical products and reactants, but are constrained as a result of their autoregressive nature. We propose DiffER, an alternative template-free method for retrosynthesis prediction in the form of categorical diffusion, which allows the entire output SMILES sequence to be predicted in unison. We construct an ensemble of diffusion models which achieves state-of-the-art performance for top-1 accuracy and competitive performance for top-3, top-5, and top-10 accuracy among template-free methods. We prove that DiffER is a strong baseline for a new class of template-free model, capable of learning a variety of synthetic techniques used in laboratory settings and outperforming a variety of other template-free methods on top-k accuracy metrics. By constructing an ensemble of categorical diffusion models with a novel length prediction component with variance, our method is able to approximately sample from the posterior distribution of reactants, producing results with strong metrics of confidence and likelihood. Furthermore, our analyses demonstrate that accurate prediction of the SMILES sequence length is key to further boosting the performance of categorical diffusion models.
- Abstract（参考訳）: 自動化学逆合成法は、主にトランスフォーマーニューラルネットワークを通じて、自然言語処理のために伝統的に構築されたモデルを適用することで、近年成功している。
これらのモデルは化学生成物のSMILESエンコーディングと反応物質を翻訳する重要な能力を示したが、自己回帰的な性質から制約されている。
そこで我々はDiffERを提案する。DiffERはカテゴリー拡散の形で逆合成予測の代替手法で、出力SMILESシーケンス全体を一斉に予測できる。
本研究では,テンプレートフリー手法におけるトップ1精度とトップ3,トップ5,トップ10精度の競争性能を実現する拡散モデルのアンサンブルを構築する。
我々は、DiffERが新しい種類のテンプレートフリーモデルの強力なベースラインであることを証明し、実験室で使用される様々な合成技法を学習し、トップk精度のメトリクスで他のテンプレートフリーメソッドよりも優れていることを示した。
本手法は,新しい長さ予測成分を用いたカテゴリー拡散モデルのアンサンブルを構築することにより,反応体の後部分布からおよそのサンプルを抽出し,信頼性と可能性の強い結果が得られる。
さらに,解析結果から,SMILES配列長の正確な予測が,カテゴリー拡散モデルの性能向上の鍵となることが明らかとなった。
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