論文の概要: CFM-GP: Unified Conditional Flow Matching to Learn Gene Perturbation Across Cell Types

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2508.08312v2
• Date: Tue, 28 Oct 2025 02:55:43 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2025-10-29 20:04:43.763984
• Title: CFM-GP: Unified Conditional Flow Matching to Learn Gene Perturbation Across Cell Types
• Title（参考訳）: CFM-GP: 細胞間の遺伝子摂動を学習するための統一条件付きフローマッチング
• Authors: Abrar Rahman Abir, Sajib Acharjee Dip, Liqing Zhang,
• Abstract要約: 細胞型非依存的遺伝子摂動予測法であるCFM-GPを提案する。 CFM-GPは、摂動遺伝子と摂動遺伝子発現の連続的、時間依存的な変換を学習する。 SARS-CoV-2感染, IFN-β刺激PBMCs, グリオ芽腫パノビノスタット, IFN-β刺激下でのループス, およびStatefate前駆者運命マッピングの5つのデータセットについて検討した。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 7.197454335008732
• License: http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
• Abstract: Understanding gene perturbation effects across diverse cellular contexts is a central challenge in functional genomics, with important implications for therapeutic discovery and precision medicine. Single-cell technologies enable high-resolution measurement of transcriptional responses, but collecting such data is costly and time-consuming, especially when repeated for each cell type. Existing computational methods often require separate models per cell type, limiting scalability and generalization. We present CFM-GP, a method for cell type-agnostic gene perturbation prediction. CFM-GP learns a continuous, time-dependent transformation between unperturbed and perturbed gene expression distributions, conditioned on cell type, allowing a single model to predict across all cell types. Unlike prior approaches that use discrete modeling, CFM-GP employs a flow matching objective to capture perturbation dynamics in a scalable manner. We evaluate on five datasets: SARS-CoV-2 infection, IFN-beta stimulated PBMCs, glioblastoma treated with Panobinostat, lupus under IFN-beta stimulation, and Statefate progenitor fate mapping. CFM-GP consistently outperforms state-of-the-art baselines in R-squared and Spearman correlation, and pathway enrichment analysis confirms recovery of key biological pathways. These results demonstrate the robustness and biological fidelity of CFM-GP as a scalable solution for cross-cell type gene perturbation prediction.
• Abstract（参考訳）: 多様な細胞コンテキストにおける遺伝子の摂動効果を理解することは、機能ゲノム学における中心的な課題であり、治療的発見と精密医療に重要な意味を持つ。 シングルセル技術は、高分解能な転写応答の測定を可能にするが、このようなデータの収集にはコストがかかり、時間を要する。 既存の計算手法では、しばしばセルタイプごとに別々のモデルが必要であり、スケーラビリティと一般化を制限している。 細胞型非依存的遺伝子摂動予測法であるCFM-GPを提案する。 CFM-GPは、非摂動型と摂動型の遺伝子発現分布の連続的、時間依存的な変換を、細胞タイプで条件付けし、単一のモデルで全ての細胞タイプを予測できるようにする。 離散モデリングを用いた従来のアプローチとは異なり、CFM-GPは流れマッチングの目的を用いて摂動力学をスケーラブルに捉えている。 我々は,SARS-CoV-2感染,IFN-β刺激PBMC,パノビノスタットによるグリオ芽腫,IFN-β刺激によるループス,Statefate前駆者運命マッピングの5つのデータセットについて検討した。 CFM-GPはR-squaredとSpearmanの相関において最先端のベースラインを一貫して上回り、経路富化分析は重要な生物学的経路の回復を裏付ける。 これらの結果から, CFM-GPの強靭性と生物学的忠実性は, クロスセル型遺伝子摂動予測のためのスケーラブルな解法であることが示された。

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