論文の概要: Monte Carlo Tree Diffusion with Multiple Experts for Protein Design

• arxiv url: http://arxiv.org/abs/2509.15796v1
• Date: Fri, 19 Sep 2025 09:24:42 GMT
• ステータス: 翻訳完了
• システム内更新日: 2025-09-22 18:18:11.101315
• Title: Monte Carlo Tree Diffusion with Multiple Experts for Protein Design
• Title（参考訳）: 複数のタンパク質設計の専門家によるモンテカルロ木拡散
• Authors: Xuefeng Liu, Mingxuan Cao, Songhao Jiang, Xiao Luo, Xiaotian Duan, Mengdi Wang, Tobin R. Sosnick, Jinbo Xu, Rick Stevens,
• Abstract要約: マスク付き拡散モデルと木探索を統合したMCTD-MEを提案する。 自己回帰型プランナーとは異なり、MCTD-MEはロールアウトエンジンとして生物物理学的な拡散デノナイジングを使用している。 このフレームワークはモデルに依存しず、デノボタンパク質工学や多目的分子生成を含む逆フォールディングを越えて適用できる。
• 参考スコア（独自算出の注目度）: 50.056670856059014
• License: http://arxiv.org/licenses/nonexclusive-distrib/1.0/
• Abstract: The goal of protein design is to generate amino acid sequences that fold into functional structures with desired properties. Prior methods combining autoregressive language models with Monte Carlo Tree Search (MCTS) struggle with long-range dependencies and suffer from an impractically large search space. We propose MCTD-ME, Monte Carlo Tree Diffusion with Multiple Experts, which integrates masked diffusion models with tree search to enable multi-token planning and efficient exploration. Unlike autoregressive planners, MCTD-ME uses biophysical-fidelity-enhanced diffusion denoising as the rollout engine, jointly revising multiple positions and scaling to large sequence spaces. It further leverages experts of varying capacities to enrich exploration, guided by a pLDDT-based masking schedule that targets low-confidence regions while preserving reliable residues. We propose a novel multi-expert selection rule (PH-UCT-ME) extends predictive-entropy UCT to expert ensembles. On the inverse folding task (CAMEO and PDB benchmarks), MCTD-ME outperforms single-expert and unguided baselines in both sequence recovery (AAR) and structural similarity (scTM), with gains increasing for longer proteins and benefiting from multi-expert guidance. More generally, the framework is model-agnostic and applicable beyond inverse folding, including de novo protein engineering and multi-objective molecular generation.
• Abstract（参考訳）: タンパク質設計の目標は、望ましい性質を持つ機能構造に折り畳まれたアミノ酸配列を生成することである。 オートレグレッシブ言語モデルとモンテカルロ木探索(MCTS)を組み合わせる以前の手法は、長距離依存に苦慮し、急激な大きな検索空間に悩まされていた。 MCTD-ME, Monte Carlo Tree Diffusion with Multiple Expertsを提案する。 自己回帰プランナーとは異なり、MCTD-MEはロールアウトエンジンとして生物物理フィデリティ強化拡散をデノナイズし、複数の位置を共同修正し、大きな配列空間に拡大する。 さらに、様々な能力の専門家を活用して、信頼性の高い残留物を保存しながら、低信頼領域をターゲットにしたpLDDTベースのマスキングスケジュールによって導かれる探索を強化する。 予測エントロピーUCTをエキスパートアンサンブルに拡張する新しいマルチエキスパート選択規則(PH-UCT-ME)を提案する。 逆フォールディングタスク(CAMEOとPDBベンチマーク)では、MCTD-MEは、配列回復(AAR)と構造類似性(scTM)の両方においてシングルエキスパートとアンガイドベースラインを上回り、長いタンパク質では増加し、マルチエキスパートガイダンスの恩恵を受ける。 より一般的に、このフレームワークはモデルに依存しず、デノボタンパク質工学や多目的分子生成を含む逆フォールディングを越えて適用できる。

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